法律分析：首先，让单位经办人填写一张补缴表，补缴表写的金额为负数，比如-356，其实就是将多缴纳的钱退回去的意思。工作人员会在缴款业务里，有个职工多缴退款，点击多缴退款受理，然后输入单位信息，选择单个新增，如果有多个职工要退缴，也要一个一个输入进去（除非系统有导入模板形式）。待新增页面进去后，按提示操作，将所需要填写的身份证、姓名、单位和个人退多少等空白处按单位经办人要求填写好，并备注清楚退款的原因。信息全部输入后可以先保存，一般会提示扫描相应的资料，最好将经办人交的补缴表和相关说明扫描进去，以便后期查证有依据。再返回单位缴款处，这时我们可以看到单位有个挂账处会出现一个数据，即退款成功的公积金，退回本单位。
法律依据：《住房公积金管理条例》 第十三条 住房公积金管理中心应当在受委托银行设立住房公积金专户。
单位应当向住房公积金管理中心办理住房公积金缴存登记，并为本单位职工办理住房公积金账户设立手续。每个职工只能有一个住房公积金账户。
住房公积金管理中心应当建立职工住房公积金明细账，记载职工个人住房公积金的缴存、提取等情况。