魔兽世界的故事发生在海加尔山之战的四年以后。兽人在卡利姆多的东部荒地建立了自己的国家——杜隆塔尔，并在萨尔酋长的提议下同巨魔和牛头人达成同盟，建立了“部落”。一部分原天灾军团的亡灵在巫妖王的力量减弱时恢复了自我意识，脱离了巫妖王的控制，并加入了希尔瓦娜斯的军团，自称“被遗忘者”。后来因为利害关系，为了寻求强大的靠山，被遗忘者加入了部落。暗夜精灵由于失去了与海加尔山的联系而加入了联盟。至此，艾泽拉斯大陆上，联盟与部落这两股势均力敌的势力展开了一系列争斗与协作……
这里按照副本的开放顺序来说吧，亡灵天灾仍然占据着遥远的东、西瘟疫之地，并准备以这里为踏板，向艾泽拉斯南方入侵。而建立在西瘟疫达隆米尔湖中央小岛上的通灵学院，则是亡灵军团的前线堡垒之一。攻克通灵学院成了联盟与部落的当务之急。
在卡利姆多的原始雨林——菲拉斯，上层精灵的遗迹散发着邪恶的气息，食人魔和辛德拉占据了厄运之槌。而菲拉斯南方出现的异种虫群也显得不正常。
艾泽拉斯南方的黑石山里，黑铁矮人和兽人活动变得频繁，据说还有龙和活体元素出现。
阿塔哈卡神庙里，一些探索者们发现一些巨魔正在进行邪恶的仪式，似乎在吸取和腐蚀翡翠梦境的力量，并企图召唤一位叫做哈卡的邪神。
暴风城国王瓦里安·乌瑞恩在一次出巡中意外失踪，暴风王国暂时由王子安度因·乌瑞恩代理，弗塔根公爵摄政，卡特拉娜·普瑞斯托女士参议。
在黑石山的调查中，勇士们意外发现了前暴风王国元帅——雷吉纳德·温德索尔，并护送元帅回到暴风城，揭开了普瑞斯托女士的假面具。原来她正是黑龙耐萨里奥的后代，一条名为奥妮克希亚的雌龙。元帅战死，弗塔根公爵幡然悔悟，下令进攻奥妮克希亚的巢穴。在除掉奥妮克希亚之后，黑龙奈法利安的阴谋被逐渐揭发，联盟和部落意识到巨大的威胁来自黑石塔。原来黑石塔中，被炎魔拉格纳罗斯所奴役的黑铁矮人和黑龙手下的裂盾兽人都听命于远古的黑暗力量，拉格纳罗斯更是元素四元帅之一。残酷的战争（40人本灭灭灭）之后，奈法利安被打败，而拉格纳罗斯也被驱逐出实体位面。
邪神哈卡在巨魔城市祖尔格拉布被召唤出来了，艾泽拉斯的巨魔部族们对此深感震惊，并各自派出祭祀前往祖尔格拉布，想要在哈卡的力量完全恢复之前消灭它。但是祭司们失败了，他们被击败并被洗脑，成为了哈卡的手下。赞达拉部族独木难支，只好向旅行的勇士们求助。事后人们发现，真正的幕后主使者其实是金度。消灭了金度，祖尔格拉布又恢复了往日的宁静。
不久之后，遥远的希利苏斯传来了消息：虫群大面积泛滥，已成灾祸。塞纳里奥议会意识到问题的严重性，并提醒联盟和部落：远古黑暗的另一个奴仆——安其拉虫族已经觉醒，封印的大门正在崩溃，一场灾难正在降临。联盟和部落的首领们进行了会谈，达成了停战结盟的协议，共同对抗安其拉虫族，联盟和部落第一次结成盟友。由于战争规模极其庞大，整个艾泽拉斯成员都在动员之列，捐食捐物，最后由兽人元帅沙鲁法尔带领两军共同进驻希利苏斯。在某位英雄的带领下，联军主动开启封印之门，与虫族展开了交战。在安其拉神庙的深处，人们发现了真正虫群的主人——上古之神克苏恩（上古之神第一次露面）。这时的克苏恩在实体位面只剩下一颗眼睛，而勇士们勇敢地消灭了克苏恩之眼，结束了这场战争。
阿尔萨斯王子与巫妖王合体之后，进入了长时间的沉睡。现在他苏醒了，并决定进攻艾泽拉斯。他派出了最强大的天灾要塞——纳克萨玛斯。而纳克萨玛斯的指挥官正是阿尔萨斯的得力助手克尔苏加德。要塞悬浮在东瘟疫之地，而为了向整个艾泽拉斯传递恐怖，克尔苏加德在每个种族主城上方都召唤了纳克萨玛斯的幻影，并传送少量的天灾军团向各地进攻。原白银之手骑士团的成员决定成立银色黎明，广泛招募所有种族的勇士，捍卫家园，对抗亡灵天灾。在银色黎明的努力下，联盟与部落成功地攻至东瘟疫之地，驻扎在银色黎明礼拜堂。血色十字军与银色黎明也进行了部分合作。最终，克尔苏加德战败，纳克萨玛斯被阿尔萨斯召回。
TBC:在伊利丹入侵外域时，一部分德莱尼人在纳鲁的帮助下乘坐星际舰船飞走。在一番漂泊后，星际舰船在无尽之海的某处坠毁了。凯尔萨斯的血精灵们用魔法跟随了舰船，并俘虏了舰船上的圣光生物——一个叫做穆鲁的纳鲁人。残存的德莱尼人向联盟求助，并加入了联盟。而血精灵们在三人议会的领导下决定加入部落。由于得到了穆鲁，血精灵们疯狂地吸取着圣光的力量并可以如人类一样使用它。而在环境恶劣的外域的常年生活也使得德莱尼人们逐渐掌握了与元素对话的方法。
逃离了诺森德的伊利丹决定回到外域，建立自己的势力，以对抗基尔加丹的燃烧军团。在击败外域的领主玛瑟里顿之后，伊利丹接管了外域的邪兽人，并以此发展了自己强大的军队。在黑暗之门重新打开后，联盟与部落决定夺回德莱尼和兽人的故土。在德莱尼的圣城沙塔斯，人们意外的发现了远征军领袖之一卡德加以及一种智慧生物纳鲁。正是纳鲁在领导外域的生还者们对抗伊利丹。
得知血精灵加入部落以后，阿曼尼巨魔首领祖尔金感到无比的愤怒。高等精灵千年前夺取了巨魔的故乡，而自己的手臂和眼睛也被他们夺走。现在，性的部落居然要接纳部落的敌人？祖尔金愤怒地宣布，要向这个世界，向血精灵，向新部落，向联盟，向所有巨魔的敌人复仇。
勇士们在阿卡玛的灰舌死誓者的帮助下，逐渐瓦解了伊利丹的军团，并将伊利丹的势力控制在黑暗神庙附近。阿卡玛释放了麦维·影歌。经过激烈的战斗，勇士们战胜了伊利丹，解放了外域。
伊利丹的两个手下：凯尔萨斯和瓦斯琪，分别占据了风暴要塞和毒蛇湖，掌握了外域重要的能量资源和水资源。在伊利丹远征冰封王座之前，基尔加丹与伊利丹一行人曾经有过对面，而就在这时，凯尔萨斯觉得伊利丹并没有多强大，而基尔加丹所掌握的力量，才是自己所渴求的。于是，凯尔萨斯开始着手叛变。最后，凯尔萨斯以自己的生命换取了基尔加丹的信任，并从基尔加丹处获得了重生和恶魔的力量。基尔加丹命令凯尔萨斯率领魔能精灵占领太阳井，准备以太阳井为媒介入侵艾泽拉斯。奥尔多与占星者合作，成立了破碎残阳军团。后来在安薇娜与卡雷苟斯以及25位勇士（？）的帮助下，破碎残阳成功地击败了基尔加丹，捍卫了艾泽拉斯世界的和平。
WLK:东瘟疫之地的失败令巫妖王很愤怒。在东瘟疫之地的提尔之手上空，训练死亡骑士的要塞正大量地扩充着兵员。然而，提里奥·弗丁和灰烬使者的出现，使部分死亡骑士脱离了巫妖王的控制。他们一部分加入了联盟和部落，另一部分则组建了黑锋骑士团。阿尔萨斯派出空军进攻了暴风城和奥格瑞玛，藉此向联盟和部落挑战。两阵营决定向诺森德进军。联盟和部落顺利地挺进直到冰川皇冠要塞的入口：愤怒之门。公爵连同部落统帅小沙鲁法尔联手向天灾进攻，阿尔萨斯开门迎战，小沙鲁法尔被闪杀。正当阿尔萨斯欲与公爵决战之时，幽暗城皇家药剂协会的大药剂师法拉尼尔突然展开偷袭。装满毒气的巨筒砸向了所有人，阿尔萨斯被迫撤退，联军全军覆没。珊珊来迟的红龙将尸首连同毒气一并烧尽，公爵受重伤，几成怪物。
皇家药剂师协会与瓦里玛萨斯叛变了，幽暗城被叛军占领，被遗忘者们被迫到奥格瑞玛避难。萨尔带领军队前往幽暗城，在与叛军的激战中遇到了同样进攻幽暗城以收复洛丹伦王都的暴风王国国王瓦里安·乌瑞恩。最终叛变被镇压，但联盟与部落的战斗一触即发，吉安娜及时赶到，阻止了双方。
蓝龙之王玛利苟斯面对种族的覆灭，神智开始扭曲，它认为这是其他种族滥用魔法给自己的族群带来的祸根。这种想法把魔法之王逼疯了，现在它正在向所有人发起复仇。面对昔日的老友，阿莱克斯塔萨和克拉苏斯并没有太多了怜悯。很快，这只蓝龙之王就永久沉睡在龙骨荒野了……
铁炉堡探险队依然没有忘记探索与发掘，但这次他们好像找到了特殊的东西。奥杜尔的发掘让所有人感到意外，而在勇士们深入其中是，更意外地发现了泰坦创世的痕迹，同时也发现了古老的生物和邪恶。泰坦们将一个上古之神禁锢在这里了，这就是第二位出场的上古之神——尤格萨隆。与克苏恩不同，尤格萨隆的特征是嘴，它没有别的五官，取而代之的无数张嘴。最终勇士们杀死了尤格萨隆，与克苏恩不同的是，尤格萨隆真的被消灭了，而不是被从位面中驱逐。
进过无数残酷激烈的战斗，提里奥·弗丁在众人的帮助下终于战胜了巫妖王，阿尔萨斯幡然悔悟，死在其父的灵魂的怀抱中。为了防止天灾军团群龙无首，造成更大的祸端，提里奥决定带上巫妖头盔，成为下一个巫妖王。弗塔根公爵阻止了提里奥，并决定代替他成为巫妖王。最后一代王者陨落，新的巫妖王诞生了……
CTM：阿鲁高的法术所引起的瘟疫让吉尔尼斯的很多人都染上了一种怪病:在他们极度愤怒或者月圆的时候，身体会失去控制，变成狼人。官方当局一直都在向大众隐瞒事实，所有发现并被逮捕的狼人都被处死了，但这依然无法阻止疫病的蔓延，很快事态就失去了控制……在确定瘟疫不会在这片土地以外传染之后，联盟接受了这些变异的人类。同时，在世界的中心，地精们生活的群岛，正在被洪水、火山及跟随而来的纳迦所破坏，地精们不得不向老朋友——部落求援。
部落的酋长萨尔，不知道什么原因，辞去了大酋长的位置，成为了提瑞斯法的一员。代替萨尔的，是战歌氏族的领袖，格罗姆地狱咆哮的儿子——格罗什·地狱咆哮。尤格萨隆的覆灭另其他的上古之神感到恐慌，于是他们令被他们蛊惑的死亡之翼——耐萨里奥毁灭这个世界。怀着满腔的仇恨，耐萨里奥疯狂地撕裂了大地，它的力量甚至影响到了整个艾泽拉斯，很多地区的气候开始异变。
在大旋涡的深处也是纳迦族的圣地，纳迦族的首领，曾经的暗夜精灵的女王——艾莎拉，正酝酿着更大的阴谋……
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