20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性灭亡招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力，变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"
故事的另一条主线是KCB电视台的三个人。记者吉井玲子钟情于藤宫博也（高野八诚），并且在救他和他的复原中扮演了很重要的角色。最终黑衣人藤宫博也变成了阿古茹奥特曼。本着对危机以及可怕的预测负责，在多次计算后，他认识到从破坏招来体中解救地球的唯一方法就是消灭人类。他退出了炼金之星，自己离开去与稻森京子教授寻找地球的意愿，却只发现了阿古茹。阿古茹和盖亚与破坏招来体战斗，很偶然他们才会互相帮助。随着故事进行，滕宫变得越来越激进和鲁莽，他在第12集和第18集与盖亚发生过激烈的冲突，并且在他那不顾一切的拯救地球的目标面前，对自己的人类同伴越来越不尊重。因此他身体越来越差。在酒吧被人欺负后，他说人类应该被地球净化。但是玲子对他说：“你连自己都照顾不了，还怎么照顾地球？”
盖亚和阿古茹在25集中进行一场大决战，结果两败俱伤。而由这场战斗释放的可怕能量却打开了一个巨大的虫洞。这个虫洞使巨兽佐利姆出现入侵地球。这证明佐利姆早已预测到这场战斗。我梦对藤宫解释到他一直想打破危机，而藤宫的分析根本上有毛病。此时藤宫也意识到他所相信的一切都基于这个错误，于是变得很沮丧。他把自己的阿古茹之光给了我梦让他能够打败佐利姆。这个形态是盖亚和阿古茹的混合。但实际上这个形态还是与V1型很像，除了胸前的黑色条纹。盖亚的V2型能变成至高型，这个形态像一个有蓝色条纹的丰满的V2型盖亚。
总之，在后面的故事中，GUARD总是想先发制人打败攻击地球的怪兽。在38集中，他们想通过发射地底贯通弹摧毁睡眠中的怪兽提古利斯（一个适得其反的计划）。在44集中，他们又通过制造人造虫洞想摧毁怪兽戈布和巴茨斯的母星，这同样带来了灾难性后果（破坏招来体利用这个机会，通过虫洞将戈布和巴茨斯送到地球）。对我梦来说很显然的是，像提古利斯这样的和人类一样出生在地球的怪兽，把他们从自己唯一生存的地方根除或许是不公平的。而对于破坏招来体送到地球的怪兽，它们本质上也并不是邪恶的。而死神揭露破坏招来体认为人类对宇宙来说是个威胁，而必须消灭。这是难以置信、值得一看的一集。当艾尔利基地最终看到一些行动时，已经遭到严重破坏。最后的决定是，唯一打败莫奇安的方法是牺牲它，把空中基地撞向巨大的怪兽。而这又在没有一人死亡的情况下奇迹般地完成。最后三集包括大量德比西（像虫子一样的怪兽）来到地球，并且盖住了地球让天空变成黑暗。ⅪG混乱了而且人类失去了希望，可德比西却持续到来。它们合体形成了巨大的盖扎德比西，而这次两个奥特曼却无法将它们全部打败。最终破坏招来体以佐格的面目出现了。一个巨大的白色天使。她杀死了与奥特曼作战的盖扎德比西，并且收回了盖亚和阿古茹的光。失去了光，两个奥特曼变回了我梦和藤宫。这一切被KCB电视台拍下了，并全世界看到。
两个人并没死，只是没有光，不能变成奥特曼了。在这关键的时候，所有地球的怪兽从全世界出现，与德比西和盖扎德比西作战来保护地球。我梦想出了最后的计划，让所有炼金之星的网络来协助最后所剩的ⅪG战斗机，来从地球怪兽那里转移能量给我梦和藤宫，使他们获得力量变回盖亚和阿古茹。由于无法对抗强大的火力，佐格由天使变成了一个非常非常大的龙形怪兽。这将使故事有一个完美的结尾。每个人都回来，并联合在一起参与和佐格的最终决战：盖亚、阿古茹、ⅪG、地球怪兽、炼金之星、KCB电视台成员甚至我梦的母亲和父亲。这个纪念性的结局结束了盖亚的故事，同时也标志着奥特曼平成三部曲（迪迦、戴拿、盖亚）的结束。2001年，一部45分钟的OV版本盖亚再现放出。该剧是关于在前面故事结束后我梦和藤宫的生活。
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