1、关键词自动转换功能
在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将该检索词按顺序与MeSH TranslationTable（MeSH转换表），Journals TranslationTable（刊名转换表），Phrase List（短语列表）和Author Index（作者索弘）等4种索引匹配，找到匹配的词即将其转换成索引中相应的词然后进行检索。
2、截词检索功能
PubMed允许使用＊号作为通配符进行截词检索。截词功能只限于单词，对词组无效。
3、强制检索功能
PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。
PubMed的数据来源
PubMed的数据主要来源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied bypublisher等。数据类型：期刊、综述、以及与其它数据库链接。
MEDLINE收录1966年以来的包含医学、护理、兽医、健康保健系统及前临床科学的文献1600万余条书目数据（2005年数据），记录的标记为［PubMed-indexed for MEDLINE]。
In Process Citations：1996年8月开始，每天收录由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未经过规范化处理的数据，该库中的记录只具有简单的书目信息和文摘、记录标记为［PubMed-in process]。
OLDMEDLINE：含1950年至1965年期间发表的200万篇生物医学文献。OldMedline的记录没有MeSH字段和摘要，记录的标记为：［PubMed-OLDMEDLINEfor Pre1966]。
Publisher-SuppliedCitations（Articles Not in MEDLINE or IN Process）：是由出版商提供的电子文献，每条记录标有［PubMed–as supplied by publisher]。