法律分析：不合格药品的管理制度如下：
1、为加强不合格药品管理，防止不合格药品流入市场，保证销售药品的质量，特制定本规定；
2、不合格药品不得验收入库、付款。在库检查发现的不合格药品要立即转至指定仓库或仓位存放，并立即通知业务部门及时退货或报废处理；
3、不合格药品必须分队单独存放，严格执行色标区别，专帐管理，定期盘点。
法律依据：《中华人民共和国药品管理法》第四十六条 直接接触药品的包装材料和容器，应当符合药用要求，符合保障人体健康、安全的标准。对不合格的直接接触药品的包装材料和容器，由药品监督管理部门责令停止使用。