平行志愿实行“分数优先，遵循志愿”的录取原则。招生院校当然能知道考生是不是把该校放在了A志愿。招生院校会根据所有上投档线的填报该校的考生的分数和专业志愿由高到低进行录取。
平行志愿在投档前先对考生进行一分一档由高到低大排名，然后按照考生排名从前到后依次投档。在轮到某个名次的考生投档时，遵循志愿顺序，先看他的A志愿，如果通过前面名次的投档，A志愿计划还没满，则该生直接投到A志愿学校，后面的B、C、D、E志愿自动失效；如果A志愿已满，则看B志愿学校，如果计划没满，则投B志愿，如果计划已满，又看C志愿，依此类推。在这里A、B、C、D、E学校均为第一志愿，只是为了计算机检索顺序才设置。每个院校志愿下可填报几个专业志愿及专业服从志愿。投档、录取同步进行，投档----录取----剩下的退档----进入下一批次录取。平行志愿规则下，考生可以将多所院校作为自己的第一志愿，就是给了考生若干个机会。比如一般平行志愿能报五所学校，那么学生在填志愿时就有五个机会。
平行志愿总分相同投档有别。在总分相同的情况下，理科考生的分数排序依次根据数学、（有的省再看理综）、语文、英语成绩，文科考生则以语文、（有的省份再看文综）、数学、英语成绩为依据。具体来讲，是指：如果是总分相同的两个理科生，先看谁的数学成绩高，数学成绩高的先投，如果数学成绩还一样，再看语文成绩，依此类推。假如两个读理科的考生考分均为650分，这时，谁的数学成绩好，谁就排在前面先行投档。
平行志愿填报时仍需有梯度。实行平行志愿填报方式后，生源素质更加均衡，也解决了以往投档中一部分高校生源爆满而另一部分严重断档的问题。对考生来说，虽并不能完全化解现行录取体制下填报高考志愿的所有风险，但还是大大降低了风险。
招生院校调档数大于其招生计划数，一般为招生计划的1:1.05到1:1.1之间。比如某校招50名学生，调档数为55名，电脑从高分到低分检索时，投该校的第55名学生，按调档数该生会被投到该校，这就是最低投档分数。如果55人有考生专业志愿没填好，就有可能被退档。退档后，你只能再填征集志愿，或在下一批次志愿中投档录取。
平行志愿的“平行”是针对电脑检索投档流程和顺序而言；对学生填报而言，切忌把“平行”理解成五个志愿都填一样高，否则一旦落入1.05~1.1范围内，有可能其他几个学校都录取不了。因此仍要注意由高到低的梯度，参考往年院校的录取分数线从高到低进行填报。一般可遵循“前面的冲一冲，中间的稳一稳，后面的保一保”
实行平行志愿必然会对各学校的录取分数线产生重大影响，由于平行志愿让高分低就甚至落榜的概率大为降低，同时低分高就的概率也必然相应降低。这就使得学校的录取分数线出现了高低分化，由于热门学校、名牌学校等考生心目中的好学校高分学生都愿意报，而低分学生进入这些学校的可能性降低，因此，这些学校的录取分数线必然大幅度提高；而各批次中原来用以保底的较差的学校则因为学生的弃选而导致录取线下降。其他一些中游学校则变化不大。
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