热振活佛向当时的国民党中央政府呈报了辞去摄政王的请求，经国民党中央批准，于藏历金龙年（一九四○年）十二月正式下野。金蛇年（一九四一年）正月一日，达札.阿旺协饶图多旦巴杰增正式代理热振政权。达札在摄政期间，由于其层级地位太低，受到了各方面的鄙视和不满。他为了提高身价，于一九四六年六月的“国民大会”上，破例自行挂上了“杰布呼图克图”的头衔，自封摄政王。
原约三年期限已到，达札应“奉还政权”，但因达札代理摄政后，就被亲英分子利用和支配，迟迟不交政权，因此热振和达札之间的矛盾日益激化。热振活佛曾给国民党政府写信要求给予军火、财物等方面的援助，国民政府指示驻拉萨办事处，暗地里支援热振组织力量，夺回摄政之职。当时西藏社会上要求热振活佛再次出任摄政的呼声甚高，引起了以达札为首的亲英势力的恐惧，于是他们精心策划了一个“炸弹事件”，给热振活佛加上莫须有的罪名，将他逮捕。热振活佛被捕的消息传到色拉寺后，引起该寺僧人的愤怒，于第二天占领了色拉寺乌考山头和山腰，对准扎溪兵营开火。于是噶厦调动了三千名地方兵与色拉寺六、七百武装僧人交战，对峙数日，色拉寺僧人终因弹尽及受炮击，色拉寺被攻陷。
当时国民党蒙藏委员会得知热振活佛被捕，拉萨骚乱后，致电西藏地方政府：“色拉寺为佛教圣地，不容摧毁，立即和平解决，并将详情具报”。后西藏地方政府电覆中央政府：“因前任摄政热振，企图谋害现任摄政达札呼图克图，故将热振及关系重要的数人拘禁，色拉寺无知僧众，附和热振反对政府，经西藏僧侣民众大会一致同意，严加惩处。并无摧毁寺庙之事。所有中央在藏官员及旅藏汉商均当切实保护”。这些均为不实之词。国民政府又致电西藏地方政府：“对热振活佛，务必保护其安全”。但以达札为首的亲英分子，惧怕爱国力量大规模武装暴动，加之除掉热振活佛的心切，于是无视中央劝告，于一九四七年五月七日，将热振活佛秘密毒死在布达拉宫霞钦角的索达巴.细巴拉的一间牢房里，其他与热振有联系的人士亦受株连。
热振活佛被害的噩耗传到热振寺后，引起热振寺僧众的悲愤，五百名僧人武装起来，将驻扎在热振寺拉章内的二十五名地方兵杀死二十四名，逃走一名。噶厦调集地方兵一千余人包围了热振寺，激战七天七夜，终因寺僧和地方兵力量的悬殊，僧人不支，才向地方政府投降。只有以热振活佛生前的亲随曲本.益西楚臣为首的四人（三名仆人）突围而出，逃往青海西宁，并向当时的西康省主席刘文辉报告了“热振事件”的原因和情况，请求援助。但刘文辉受了西藏地方政府的贿赂，对此事无动于衷。热振曲本.益西楚臣后跟人民解放军第十八军进藏。
热振活佛被害之后，达札等亲英派，为了掩人耳目，在暗害热振活佛的同时，又在拉萨朗孜夏摆设了一个所谓“热振事件展览”，其中展出的大部分实物、档案都是伪造的，里面掺杂了许多不实之词。
五世热振活佛虽然被亲英分子所杀害，但他亲近祖国、维护团结、反对帝国主义以及治理藏政的功德却载入了史册，他永远活在藏族人民心中。
