目前，我国土地整理普遍缺乏完善的耕地质量判断与衡量标准，尚未建立农田质量检验机制，耕地质量平衡的可操作性差，主观随意性比较大，致使整理后的耕地质量得不到保证。因此，探索并借鉴农用地分等的理论、方法和成果，可为解决土地整理工作中项目可行性研究和规划设计、耕地质量评价、项目实施效益评价等问题提供新的途径。
（一）农用地分等可为土地整理可行性研究和规划设计提供依据
开展土地整理需要对项目的可行性进行研究。土地整理必须符合土地利用总体规划、土地开发整理专项规划和年度土地开发整理计划这一总原则，还应当考虑有关农用地分等指标因素的质量，如耕作条件是否满足种植要求，土壤有机质含量和有效土层厚度是否达到要求，还应具备较好的建设条件。
土地整理项目规划设计是项目施工和编制项目预算的依据，其设计是否科学合理，是否符合当地实际，直接影响着施工进度、工程的实用性和预算编制的合理性。而要清楚项目是否可行、项目规划设计是否合理，必须有一定的参考标准，农用地分等的自然质量等、利用等和经济等为此提供了丰富的基础资料。
（二）农用地分等为土地整理质量评价提供依据
土地整理质量应当从耕地数量和质量两个方面来评判。在土地整理中，需要加大对提高耕地质量和改善耕作条件工程措施的投入。只有重视土地整理质量，才能保证整理耕地的有效管理和科学利用。土地整理前根据农用地分等成果获取耕地的质量状况，并结合期望的整理后耕地质量，制定相应的工程技术措施和配套的资金投入计划。土地整理后，首先结合野外采样、调查和室内土壤理化性状分析，并借助 GIS 软件环境下的地统计学模块和叠加分析功能，套取整理区农用地分等指标因素信息；然后借鉴农用地分等的理论、方法和中间成果，测算开发整理后耕地质量的等指数和等别，掌握土地整理的质量。
（三）农用地分等可为土地整理的经济、社会、生态效益的综合评价提供基础依据
开展土地整理的根本目的是增加耕地数量和提高耕地质量，以缓解人地矛盾和改善农业的生产条件及生态环境。但同时也应该考虑土地整理项目资金投入的经济效益，只有让地方政府和老百姓实实在在地感受到土地整理投入是有利可图的，才能提高人们对这项工作的热情和投入，土地整理工作才可能全面铺开。这个市场一旦被激活将是十分庞大的，这也为我国新农村建设和培植国民经济新的增长点开辟了新的道路。由于目前我国农业比较效益较低，土地整理的经济效益并不明显，但随着近年来国家农业税收的减免和农产品价格的提高，土地整理的经济效益将会逐渐显现出来。
土地整理在追求经济效益时，也需要对其生态效益和社会效益进行投入，只有做到经济、社会、生态效益的统一，农业经济回报才能可持续。应用农用地分等调查数据和分等中间成果，可以获取整理前后标准耕作制度中指定作物的面积、单产、总产、亩均资金投入、粮食市场价格和亩均纯收益等因素数据，测算土地整理的经济效益及投入费用的回收周期。而土地整理的社会效益和生态效益是一种无形资产，可以通过整理后农用地分等的耕地评价因素因子属性、耕地自然质量利用水平和经济水平进行定性分析。