慈恩寺的早课修持中，《药师佛大愿持诵法》是不可或缺的一部分，它特别适合末法时期的众生，玉琳国师曾赞叹它为“不舍世欲而得成就”的法门。除了《大愿持诵法》，还有供养法、观行法和圆满法等，这些法门各有特点，都是殊胜的、能随愿成就的法门。药师法门的广大利益难以尽述，简要来说，可以归纳为以下几点：
1. 随所善愿皆得成就，无论是求长寿、富饶、官位，还是求子嗣，都能如愿以偿。
2. 远离恶梦、不祥之兆。
3. 远离水灾、火灾、刀伤、毒药、坠落等危险，以及动物和昆虫的毒害。
4. 食物、法味和精美衣物的供给，使生活得到满足。
5. 女性在分娩时减轻痛苦，所生之子相貌端正、受人喜爱、聪明、健康，且不受非人精气干扰。
6. 远离自招恶果和他人的诅咒、媚术、毒害等种种伤害。
7. 不遭意外死亡，不受恶鬼神夺精气，若已遭夺，还能恢复如初，身心安乐。
8. 解脱国家侵扰、盗贼叛乱等灾难，实现国家安宁、风调雨顺。
9. 转变祖先的厄运和地理的不利因素。
10. 临终时，若修持药师法，可升天，即使天寿终了，也能因药师法的功德而不堕三恶道，生于人间，或成为有权势的人、贵族、大德，形貌端严、财富充裕、家庭美满、智慧出众、勇猛有势。
11. 在持戒方面增进惭愧与谨慎，有助于守戒圆满，比丘和比丘尼能持三聚净戒、六根清净。
12. 若有破戒者，怖畏堕入三恶道，专心修持药师法、恭敬供养，可免堕恶趣。
13. 命终时，八大菩萨以神通力助修持药师法及闻名号者，随愿往生佛国净土，如求生西方极乐者，则助其往生。
14. 命终后，若投身饿鬼或畜生道，因修持药师法的功德，偶尔忆念“药师琉璃光如来”名号，即可脱离苦境，来生人间，得宿命念。
15. 若有情众生能弃恶行善，不堕恶趣；若未能舍恶，药师如来本愿力能使其听闻名号后，来生人间，依正见精进，善调意乐，速圆满诸菩萨行。
16. 无论人天乘还是行邪道者，都能引导入三乘菩提道，安住其中，二乘行人则可入大乘，以药师佛的威神力解脱一切系缚，拔除生死过罪，决定得度，乃至成佛。
17. 若有因悭贪嫉妬、自赞毁他而堕三恶趣者，若曾修持药师法或听闻药师名号，此刻能忆念药师如来、至心皈依，药师佛的神通力能立即解脱剧苦，令其聪慧多闻，恒求胜法，常遇善友，永断魔羂，破无明谷，竭烦恼河，解脱一切生老病死忧悲苦恼，乃至成佛。
综上所述，修持药师法门的世间和出世间利益无穷，依此修行，能迅速证得无上正等菩提。
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