广州南站地铁站一共有13个出口。
A出口：广州火车南站（售票厅、西广场）
B出口：广州火车南站（到达区、西广厅）
C出口：广州火车南站（进站区、地下停车场）
D出口：广州火车南站（到达区）
E出口：广州火车南站（进站区）
F出口：广州火车南站（到达区）
G出口： 广州火车南站（进站区、地下停车场）
H出口：广州火车南站（到达区、东广厅）
I1出口：南站南路 广州南汽车客运站
I2出口：南站北路 广州火车南站（售票厅、东广场）广州南汽车客运站
J出口：广州火车南站（进站区、地下停车场）
K出口：广州火车南站（进站区）
L出口：广州火车南站（进站区、地下停车场）