真菌是微生物中的一个大类，早期生物学分类将真菌归于植物界，后被独立列为真菌界。按以往国际上普遍采用的Ainsworth等的真菌分类法将真菌界分为粘菌门和真菌门，后者又划分为五个亚门：①鞭毛菌亚门（Mastigomycotina），此亚门的真菌与医学的关系不大；②接合菌亚门（Zygomycotina），许多条件致病性真菌属之，如毛霉属和根霉属等；③子囊菌亚门（Ascomycotina），大多数为腐生性真菌，少数为致病性和条件致病性真菌，如组织胞浆菌属和酵母菌属等；④担子菌亚门（Basidiomycotina），许多食用或药用真菌属之，如蘑菇和灵芝等，少数为致病性真菌，如新生隐球菌；⑤半知菌亚门（Deutermycotina或fungus imperfecti）， 医学上有重要意义的真菌大多数属此亚门，包括各种皮肤癣菌和假丝酵母菌属等。新的分类法认为粘菌不属于真菌界，并将真菌界分为四个门，即壶菌门（Chytridiomycota）、接合菌门（Zycomycota）、担子菌门（Basidomycota）和子囊菌门（Ascomycota）。原半知菌亚门真菌生活史中的有性阶段不明，因而未被承认，它们分别被划分于接合菌门、担子菌门和子囊菌门中。
真菌有10余万种之多，大部分直接或间接对人类有益，少数（约300种）能引起人类疾病，包括致病性真菌、条件致病性真菌、产毒性真菌和致癌的真菌。近年来，真菌感染呈明显上升之势，这与疾病治疗中抗生素、免疫抑制剂和抗肿瘤药物的大量使用，器官移植、放射治疗和导管插管技术的开展，特别是人类免疫缺陷病毒感染者的大量增加有着极为密切的关系。了解真菌的生物学特性、致病机制及发展有效的防治措施是医学真菌学的重要任务。
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