南京大学管理科学与工程在院系配置上隶属于南京大学工程管理学院。
该系的科研方向如下：
经济系统演化及计算管理学
物流工程
金融管理与金融工程
服务运作与收益管理
项目管理
工业工程
运营管理
南京大学工程管理学院坐落在南京大学北园西门（平仓巷5号）一个翠竹婆娑、花木掩映的园林式的庭院里，是一所以培养高层次管理人才和工程技术人才为办学目标的学院。院长为著名的管理学家盛昭瀚教授。
学院现有管理科学与工程一级学科博士点和信息工程博士点，拥有管理科学与工程、控制理论与控制工程、光学工程、信息工程四个硕士点和项目管理、物流工程两个专业硕士学位点，有工业工程和自动化两个本科专业。现有在校本科生230名，研究生236名（含工程硕士），其中博士生56名。
学院建有管理科学与工程系、控制与系统工程系以及江苏省物流技术工程中心、光通信工程研究中心、金融工程研究中心等教学科研机构。
学院特别关注国际学术前沿动态和我国管理实践所提出的重大需求，并根据当今学科发展交叉融合与渗透互动的特点，在理、工、文、管多学科的交叉点上探寻新的学科生长点，研究领域与课题具有前沿性、前瞻性、综合性和现实性。近期主攻方向为：社会经济系统演化、计算管理学、物流工程、项目管理、工业工程、金融管理与金融工程、运作与收益管理，管理控制一体化、制造执行系统（MES）、实时数据管理与挖掘、智能信息处理与信息系统工程、自动化检测与仪表，光网络的监测与控制、光纤传感技术及应用、新型光子器件等。
多年来，我院教师秉持“学道酬实，至任于群”的院训，辛勤耕耘，在国内外核心期刊发表论文数百篇，承担了国家“863”高新技术、国家“九五”重点攻关、国家自然科学基金（重点项目）、江苏省科技攻关项目等数十项科研项目，获得机械部科技进步特等奖、教育部高校科技进步一等奖、国防科技一等奖、江苏省科技进步一等奖等奖项。
学院积极推进科技成果向现实生产力转化，与江苏移动公司、五星电器集团、扬子石化、齐鲁石化、苏通大桥、上海证券交易所、中国工商银行江苏省分行、江苏省国信集团、美国惠普公司、安捷伦公司、德国西门子等大型企业合作，开展科学研究和项目开发，取得了良好的经济和社会效益。
学院积极开展对外学术交流，与美国耶鲁大学、德州大学、杜克大学、佐治亚工学院、香港科技大学、香港中文大学等国内外许多著名高校建立了广泛的学术交流合作关系，聘请了成思危、王众托、李京文、于刚、Ray T.Chen、Robert J. Shiller、Carsten Herrmann-Pillath、Stephen. Rinsler等海内外著名教授担任本院的兼职教授，与德国维藤大学合作成立了“中德演化经济学与中国经济问题研究中心”，与英国皇家物流与运输协会（ILT）签订了全面合作协议。
多栽翠竹留清影，同上高楼看远天。欢迎您加盟或访问南京大学工程管理学院，开展各种形式的交流与合作，共创美好未来。
而管理科学与工程系又是该院的王牌学科，其实力可见一斑。
该专业毕业生具有较广泛的理论基础知识与动手技能，可以到所有需要的工管领域工作，具备从事商业控制科学研究、技术开发、高校教学、工程应用等方面的基础，可在大中型企业（公司）、国家机关、高等院校、科研院所、交通、金融等单位从事相关的教学、科研和技术管理工作。就业前景十分广阔。是南大为数不多的好工科。
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