蛋白质可以被酸、碱或蛋白酶催化水解。
酸水解
一般用6mol/LHCl或4mol/LH2SO4回流20hr左右，蛋白质完全水解，不引起消旋，得到的是L-型氨基酸型氨基酸。但色氨酸色氨酸完型氨基酸色氨酸全被破坏，羟基氨基酸羟基氨基酸部分被分解，天羟基氨基酸天冬酰胺和谷氨酰胺的酰胺基酰胺基被水解下来。
碱水解
与5mol/LNaOH共煮10-20hr,完全水解，多数氨基酸不同程度的被破坏，得到的是L型和D型的混合物；精氨酸脱氨，但色氨酸稳定。
酶水解
不产生消旋，不破坏氨基酸。部分水解。
完全水解：彻底水解得到的水解产物为各种氨基酸的混合物。
部分水解：不完全水解得到的水解产物是各种大小不等的肽段和单个氨基酸。