分情况。如果两个证书是在一个药店就可以，不是就不可以。
两个证书不允许分别注册在不同的药店，要求两个证书同时注册在同一家药店，注册为中西药联合执业。
注意：执业药师证注册可分为三种：第一种为执业（西）药师注册、第二种为执业（中）药师注册，第三种为药学-中药学执业药师注册。可以选择第三种情况将两个证同时注册，但是只能在一家药店注册。
扩展资料：
注册注意事项：
1. 申请办理首次注册时间超过《执业药师资格证书》“签发日期”年度的，还需提供《执业药师继续教育证书》。
2. 已经在外省(直辖市)食品药品监督管理局注册，准备变更到黑龙江省食品药品监督管理局注册的，按首次注册要求准备材料，同时还需提交以下材料：在外省(直辖市)食品药品监督管理局变更注册申请表一份(原件)及原《执业药师注册证》(正、副本原件)。
执业西药师与执业中药师注册提交材料：
《执业药师首次注册申请表》(一式二份)；《执业药师资格证书》；身份证明复印件(A4纸复印)。
县级(含)以上医院或体检中心出具的本人近期6个月内的《健康体检表》原件与其复印件(A4复印纸复印)一同提交，受理人员将《健康体检表》原件与其复印件核对无误后，当时将《健康体检表》原件退回申请注册人，其复印件留档。
近期证件照片(同一底版)一寸4张(其中2张粘贴在《执业药师首次注册申请表》“粘贴照片处”位置上。
注册单位合法开业证明：在药品生产单位注册的，提供《药品生产许可证》(正本)复印件，复印件用A4纸复印并盖公章。在药品经营单位注册的，提供《药品经营许可证》(正本)复印件，复印件用A4纸复印并盖公章。
在药品使用单位注册的，提供《医疗机构执业许可证》(正本)或(副本) 复印件，复印件用A4纸复印并盖公章。劳动部门正式用工合同原件、复印件(药品使用单位注册人员提供在岗证明)。
参考资料：百度百科-执业西药师
参考资料：百度百科-执业中药师
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