当企业在材料验收入库过程中发现短缺时，会计处理涉及多个步骤。首先，确认短缺情况时，应做的会计分录是借记"待处理财产损益--流动财产损益"，贷记"原材料"，以记录这部分损失。如果经调查发现是个人过失导致的短缺，相应的会计调整为借记"其他应收款"，继续贷记"待处理财产损益--流动财产损益"，以反映责任归属。当收到个人赔偿时，会计分录为借记"现金"，贷记"其他应收款"，以反映资金的回流。
值得注意的是，对于在运输途中合理的损耗，应计入采购成本；如果是由于过失方责任，例如运输部门，应从"器材采购"科目转至"应付账款"或"其他应收款"科目。如果短缺原因尚未明确，通常会先通过"待处理财产损益"科目核算，待查明原因后进行具体处理。如果是自然灾害等非常原因造成的损失，会根据使用目的进行区分，如果是国家预算内工作，借记"国家基金"科目，如果是其他经营活动，则借记"营业外支出--非常损失"科目。如果是定额内的短缺或其他损失，通常会计入"管理费用"科目。
总的来说，企业在处理这种材料短缺的会计问题时，应根据具体情况和责任归属，遵循相应的会计原则和准则来进行账务调整。
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