位于我国中亚热带季风气候区的闽江源自然保护区，气候温和，年平均气温保持在16.7℃。一月的平均温度为5.3℃，七月则上升至27.1℃，极端高温可达40.3℃，而最低温度则在冬季降至–12.8℃。这里的气候特点表现为雨量充沛，年平均降雨量高达1880.1毫米，日照时数为1720.7小时，无霜期平均为280天。
保护区的核心区域，严峰山西南麓海拔950米，正是闽江的源头。区域内溪流纵横交错，水系繁茂，包括建宁县的两大水系——濉溪和楚溪。此外，还有杨林溪、里沙溪、都溪、宁溪、黄坊溪、兰溪、桂阳溪、焦坑溪和开山溪等，这些河流流域面积广泛，总面积达到326.8公里。充沛的降水使得水资源丰富，历年平均降水总量为68.85亿立方米，年平均径流量为16.76亿立方米，每平方公里平均水量为103.86万立方米，每人平均占有水量为1.17万立方米。
保护区的植被茂密，良好的水土保持使得河水清澈，含沙量少，展现出良好的生态环境。悬移质泥沙侵蚀模数大约在60到80吨每公顷每年。县内年均输沙量为8.03万吨，显示出保护区在水资源管理和环境保护方面的成效。
建宁闽江源自然保护区位于建宁县境内东南部，东北部与泰宁交界，总面积13022公顷，千里闽江正源发源于保护区内严峰山西南麓。区内金饶山海拨1858米，是三明第一个高峰，地层古老，又是建宁椴、建宁金腰的模式标本采集地。该区是武夷山脉中亚热带森林生态系统保护区的重要组成部分，是珍稀野生动植物的良好栖息地，有国家重点保护植物36种，国家级保护动物17种。建立闽江源省级自然保护区，对于闽江水源涵养以及生物多样性的保护都具有重要义。