泉州少林寺，原名“镇国东禅少林寺”，也称南少林寺，位于泉州清源山余脉东岳山下。 据清蔡永蒹《西山杂志》转引唐《闽中记》云：“天坛傍少林寺，智空禅师拜会王太守，立于天坛。”，可知唐代泉州少林寺的中心位于东岳山“天坛”之旁。天坛遗址仍存，即位于现存“东岳行宫”前面20米处。天坛之旁，南少林寺遗址仍依稀可辨。
泉州南少林寺是一个庞大建筑群体，东至东岳山麓，西至东门护城河，南至东湖，北至伊斯兰墓地。现存的东禅少林寺仅是泉州南少林寺的一小部分。
在东岳山脚的村庄内，原江夏侯周德兴“剪刀剪芙蓉”穴的坟墓稍东，旁通往福州的古大道，仍有一地名叫“山门”，位于天坛东侧约一里。这便是少林寺的山门。过山门有一条山沟，流水潺潺，名叫“洗脚坑”，传说进少林寺须先在此洗脚，以示清净与虔诚。沿山门而上，可见一片开阔地，是少林寺庞大建筑群遗址，在上世纪70年代辟为“打靶场”。当年辟建靶场时，曾发现古井和古建筑群体墙基遗址。
自唐龙朔元年（661）前后，“智空入闽中，建少林寺于清源山麓“，至“乾隆二十八年（1763）秋诏焚少林寺”，一千一百年间，泉州少林寺经历了三兴三废的历程。
少林寺三次被毁
一、始建于龙朔，废于天佑
清蔡永蒹《西山杂志》转引唐《闽中记》云：唐龙朔元年（661年）以前，“智空入闽中，建少林寺于清源山麓，凡十三落。”“少林寺十三进，周墙三丈，陇田百顷，树林茂郁。”“天坛傍少林寺，智空禅师拜会王太守，立于天坛。” 智空（字道广）系救唐王闻名的嵩山少林寺十三棍僧之一，其入闽，为闽武僧之始，传十二门徒，有力能擒虎、善挟千斤之鼎者，有能执千斤之弩、能舞百节链锤、飞行迅速者……
《闽中记》又说：唐天佑元年（907），“少林寺反王审知附梁，被毁”。南宋施梦说《东鲁诗集》也说：“少林寺宇筑清源，十进山门万丈垣；百亩田圆三岭地，千僧技击反王藩。” “王藩”即指闽王王审知。王审知毁泉州南少林寺，是该寺的第一次被毁。
二、兴于太平兴国，废于至元
《西山杂志》载，北宋太平兴国六年（981年）诏修泉州南少林寺。此为泉州南少林寺的第二次兴起。北宋刘昌言诗：“遗迹清源兴国建，泉南到处少林风。”兴国即宋太宗太平兴国年号（976—983）。惠安县东桥镇东湖村保存的张氏族谱复印件载：“仕志，字法义，以石雕名世，工巧绝伦，如泉州少林寺门前之石狮子……”张仕志是宋代人张仕逊的胞弟，说明他参与了宋朝泉州少林寺门前石狮子的雕刻。
北宋文献记载，少林寺有山门、大雄宝殿、法堂、达摩祖师堂、十三堂、罗汉堂、玄女堂、藏经阁、天王殿、观音殿、地藏殿及其他配套设施，占地400亩。2002年复建天王殿时，从地下挖掘出石制寺庙构件40多件，其中塔座1个、塔盖1个、与承天寺应庚塔相似的塔刹7个、石帽4个、柱础4块、石柱6根等，保存完整的直径达1米的榫石就有20块，体现出当时寺庙建筑的宏大规模。 还从现场发掘出大量的瓦片和瓦盖。专家推测，这些构件极有可能是唐宋时期泉州少林寺的建筑构件。
唐、宋鼎盛时期，寺内曾住有武僧数千人。
《西山杂志·统志》又载：“宋景炎元年（元·至元十三年，1276年），清源少林寺千僧反蒲寿庚之降元。少林寺长老元妙……俗称赵孟良……（元兵）追至少林寺……先行奇握温斯也，凶残成性，挥令冲少林寺，激起千僧之愤也。刀光剑影，以一当十，元兵尸横清源城东，枕骸遍野。唆都至，发矢，千僧毙焉，存者百人……亡入德化（戴云寺）。”此为泉州南少林寺第二次被毁。
明中期，安溪富翁兼善人李森（生于洪武三十一年[1398年]）出钱购买东岳山大片荒地作为义冢用地，供泉州人免费埋葬尸骸。这些义冢用地，似乎也是少林寺南宋末千僧抗元后被毁的荒地
三、兴于洪武，废于乾隆
《西山杂志》：明洪武十年（1377年），玄妙观法本（宋末千僧抗元之后逃至德化的少林寺僧人，高龄百三十有五）劝募州官黄中立“疏奏朝廷，敕修少林寺。”僧人传技击于泉南。此为泉州南少林寺的第三次兴起。
清道光《晋江县志·卷69》载：“镇国东禅寺在仁风外东湖畔……明宣德十年（1435年）重修，后废。僧人修其旧址十分之一，兼祀知县彭国光，以彭曾为僧复寺田也”。 嵩山少林寺德虔法师《少林武僧志》（北京体院出版社，1988年）称：“《少林寺内传》载，垣然和尚武功超群，受到（明）嘉靖皇帝（1522—1566年在位）的嘉奖。当年垣然和尚的高足月空法师曾受命带领30多个打出山门的武僧，到福建泉州平倭立功，并在那里建立一座南少林寺，做了该寺的方丈。”可知北少林寺的《少林寺内传》明确记载明代泉州有个南少林寺，至于说是新建，则为误传。时至今日，闽南仍流传着北少林武僧平倭的故事。
清乾隆年间，乾隆下江南，担心南少林武僧与郑成功（参见《泉州人名录·郑成功》）的党羽勾结，“乾隆二十八年（1763年）秋诏焚少林寺……从兹无复敢修者。”部分寺僧避于南安一片寺。此为泉州南少林寺第三次被毁。
火烧少林寺之后，少林寺和尚至善法师避祸民间，继续招收少林弟子，反清复明。至善、洪熙官及其弟子传至广东，继续发展南少林拳，出了南少林拳王黄飞鸿,后又由黄飞鸿弟子传至香港，并远播美国等。
现代重建
1992年10月，泉州市佛教界和地方知名人士决定在原址重建南少林寺，至1997年成大雄宝殿、五观堂及僧舍。2002年开始在大雄宝殿正前方复建天王殿。此为泉州南少林寺在新时期的复兴。
南少林武术的发祥地
泉州是南少林武术的发祥地，武术活动历史悠久，它始晋唐，盛于两宋，
泉州南少林至今枝繁叶茂，拳派远播，影响广泛。以南少林武术为代表的泉州武术文化是泉州优秀文化积淀的重要组成部分。南少林武术由五祖拳、太祖拳、白鹤拳、五梅花拳等拳种构成了独特而博大精深的拳术系统；是泉州历史文化的重要内涵，也是中华传统武术中的宝贵遗产。明清以来，它传播到东南亚、台湾、香港、澳门和琉球等地，成为泉州南少林武术的支派。南少林武术薪火相传，有极强的传统继承性和凝聚力，至今海内外人士寻根溯源，络绎不绝。泉州少林寺由嵩山少林寺分灯衍派，建于清源山麓，曾一度出现过"寺僧千人，陇田百顷，树林茂郁"的盛况。新中国成立以来，在党和政府的重视支持下，泉州广泛开展群众性武术活动，在继承传统的基础上，形成实力雄厚、独具特色的武术队伍。60年代泉州业余武术社成立，拳界耆宿纷起响应，气象为之一新。改革开放以来，泉州市武术协会应运而生，各门派传人齐集麾下，武术馆、武术学校遍布城乡，再现"泉南千载少林风"的盛况。目前全市已有5个区(市)被国家体委评为"武术之乡"
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