农民公寓不可以交易，即使签订了协议，协议也是无效的，不受法律保护也不能公证。《关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》规定，农民的住宅不得向城市居民出售，也不得批准城市居民占用农民集体土地建住宅，有关部门不得为违法建造和购买的住宅发放土地使用证和房产证。
《关于以其他形式非法转让土地的具体应用问题请示的答复》规定，原宅基地使用者未经依法批准通过他人出资翻建房屋，给出资者使用，并从中牟利或获取房屋产权，是属“以其他形式非法转让土地”的违法行为之一。消费者若购买了宅基地自建房是无法拿到房产证的，也不能上市交易。一旦发生了房屋纠纷，将得不到法律的保障。即使买卖双方已签订合同，但根据《合同法》第五十二条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同视为无效合同。
本条内容来源于：建筑工业出版社《家居装修知识问答》
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