法律分析：行政许可的注销，是指基于特定事实的出现（如自然人丧失民事行为能力或者不可抗力因素，导致商店主体无法继续经营等等），使行政许可失去效力的时候，行政机关就应当依法办理行政许可的注销手续。在《中华人民共和国烟草专卖许可证管理办法》第四十九条第三款中，已经明确规定，烟草专卖许可证核定的经营主体为法人或者其他组织依法终止的时候，发证机关才能依法注销烟草专卖许可证。
法律依据：第一种处理方法《中华人民共和国烟草专卖许可证管理办法》第四十三条登记事项发生改变，取得烟草专卖许可证的公民、法人或者其他组织不依法进行变更登记的，烟草专卖行政主管部门应当责令其依法进行变更登记；拒绝变更登记的，应当取消其经营资格，收回烟草专卖许可证。第二种处理方法《中华人民共和国烟草专卖许可证管理办法》第三十二条第二项烟草专卖零售许可证的持证人因主体（指商店名称和经营者姓名）、企业类型（个体工商户改为股份有限公司）或者地址发生改变的，应当重新申领烟草专卖零售许可证。《中华人民共和国烟草专卖许可证管理办法》第四十二条第二项任何单位或者个人不得买卖、出租、出借或者以其他形式非法转让烟草专卖许可证。处理依据：《中华人民共和国烟草专卖许可证管理办法》第四十五条第一款规定，经检查不符合烟草专卖法、烟草专卖法实施条例和烟草专卖许可证管理办法规定条件的，发证机关可以责令持证人暂停烟草专卖业务、进行整顿，直至取消其从事烟草专卖业务的资格。