香港大学深圳医院是全深圳市最大的公立医院，也是首间深港合作的公立医院。
港大深圳医院由深圳市政府出资35亿元兴建，而营运费用也由深圳政府补贴。医院占地面积19.2万平方米，总建筑面积36.7万平方米。资金由深圳市提供，而香港大学则会提供人力资源。梁智鸿透露，有12名的医院部门主管已经确定人选，其中包括香港大学医学院的教授、香港医院管理局的退休人员，还有两位从海外归国的医生。其中，内科、外科、妇科、麻醉科、微生物科以及放射科的主管，都由港大的著名教授担任。
一次“打包”收费130元，梁智鸿表示，这个标准，以及其他收费标准都还在有关部门的审批当中。
拒收红包回扣写入劳动合同，“打包”收费也杜绝了医生多开药的问题，医生的收入将和“量”没有关系，即并不与所看病人的数量以及开药的数量挂钩。医院希望以这种方式来保证整个制度上的廉洁。
香港大学深圳医院产权归深圳市政府所有，由深港双方共同组建的医院决策和管理团队进行管理。双方在医院管理体制、财政投入机制、人事分配制度、保障公益性、企业化运行、成本管理、服务模式以及提高服务质量和工作效率等领域大胆改革，推动“政事分开、管办分开、医药分开、营利与非营利分开”。
根据深港双方合作协议，香港大学深圳医院将坚持公立医院属性，纳入我市公立医院服务体系，优先满足深圳市民的基本医疗卫生需求，保障医疗卫生服务的公益性。
2013年1月4日，深圳市卫人委在其官网上发布信息，批复了香港大学深圳医院成为香港大学附属医院的申请，同时也同意其增设小儿外科、肿瘤科、麻醉科及开展健康体检服务。
到2015年医院全面投入使用后，能容纳2000张病床，满足日均8000人次的诊疗需求。医院将实行临床诊疗中心为主导的现代医院服务模式，普通门诊与专科门诊分离，实施国际专业水平认证。
香港大学深圳医院的挂牌成立，是深港两地合作的又一创举，标志着深圳市医改工作再次突破；深港双方将以合作共管、优势互补、共赢发展为原则，借鉴、引进国际一流的先进医院管理制度、服务理念和医疗技术，为深圳市民提供更优质的医疗资源和服务。深圳市政府与香港大学将共同努力把香港大学深圳医院建成国内一流、国际知名的现代化医院，为深港医疗合作开辟新局面，为深圳乃至全国公立医院管理体制改革提供有益经验。
香港大学深圳医院开业后，深圳市民前往该院就医，收费标准和就医流程与我市其他三级公立医院相同。香港大学深圳医院的收费也同我市其他公立医院一样，需要经过物价部门的审批。不过，境外人士在香港大学深圳医院就医，收费会比深圳市民贵一些。
医院将实行董事会领导下的院长负责制，设立董事会、医院管理团队和监事会，董事会负责行使医院重大事项决策权，医院管理团队负责运营管理。据悉，深港双方将以长期合作为目标，首期合作期限为10年。
