位于长春市中心的吉林大学附属医院，是一所具有综合性临床特色的医疗机构，占地41364平方米。医院不仅是吉林大学医学部医学二系、妇幼卫生系、口腔医学系800多名本科生的教育基地，也承担着成人教育学院和附设卫生学校的教学任务。作为教育与研究的重要平台，医院设有吉林省呼吸病研究所、吉林省眼病防治中心、吉林省脊柱外科中心、心血管病介入治疗中心、消化内镜治疗中心以及东北地区母乳喂养培训中心和吉林省皮肤性病防治研究所，为患者提供全方位的医疗服务和学术支持。
值得一提的是，1993年9月，吉林大学附属第二医院顺利通过了卫生部的严格验收，成为吉林省首批获得国家级爱婴医院称号的综合医院。次年4月，医院又晋升为卫生部三级甲等医院，标志着其在医疗服务质量、科研能力及教学水平上均达到了国内领先的标准。
吉林大学第一医院，始建于1949年，是国家卫生部所属，集医疗、教学、科研一体的综合性，教学医院，是吉林省首家达标的三级甲等医院，全国百佳医院。设有内科、外科、妇科、儿科、传染科、神经内科、神经外科、眼科、耳鼻咽喉一头颈外、科、骨科、手外科、皮肤科、精神科、心理医学科、中医科、诊断学、核医学等58个相应的临床、医技科室和23个研究室。神经内科、消化内科、耳鼻咽喉一头颈外科、骨科是卫生部重点学科。普通外科、神经外科、儿科、血液科是白求恩医科大学重点学科。