区别有以下几点：
1. 各大航空公司和酒店集团在飞猪都设有旗舰店，而携程方面的官方店铺较少。
2. 飞猪的会员体系比较完善，和航空公司与酒店合作较多，会员打折力度较大。携程的会员体系就稍显鸡肋，能够打折的酒店较少。
3. 飞猪每周四都有1元机票抢购的活动，同时不定期有各个酒店、航司品牌的会员日优惠活动。携程每年周年庆的时候，和双十一的时候都会有两个比较大的抢券活动和机票促销活动。
4. 携程订票流程、细节更清晰，飞猪业务流程比不上携程。
5. 携程的售后服务、客服比飞猪好太多，表现得更专业，携程胜在服务，携程旅游大公司有保障。
扩展资料：
飞猪和携程同作为中国内比较知名的旅游平台，二者的业务有本质不同。
根据国内旅游的相关制度，消费者订购一个旅游产品一般会接触到组团社和地接社。我国传统线下的旅行社的门店，都是组团社，到了旅游目的地提供当地服务的旅行社称为地接社。
根据中国的法律，无论组团社还是地接社，要从事旅行社业务需要申请获得相应的资质，如果要从事出国旅游服务，需要在取得旅行社资质后再取得出境旅行社资质。
携程网是有旅行社资质的，其业务模式更像是将门店搬到网上的旅行社，业内称为OTA（Online Travel Agency）。而飞猪网是没有旅行社资质的，飞猪把自己定义为互联网的销售平台就像是专门提供旅游产品的淘宝，飞猪网只是汇聚信息撮合交易，飞猪并不直接参与到产品中提供具体服务。
从上面的大致定义可以看到，携程网本质上就是组团社，而飞猪网并不是传统意义上组团社。目前，飞猪网的商业模式属于行政监管的盲区，是否应当纳入到组团社的行业监管中仍有争议。
飞猪网这样平台型的公司应当纳入到旅游行业的监管中，因为本质上这就是旅游行业生态链的重要一环，不可能取消也无法回避，要让他健康发展，保护消费者权益，就应当正视它，纳入监管。
平台型公司被监管的身份不是旅行社，而是作为一种单独的商业主体“第三方平台”来监管，对平台型公司监管要求应当比一般的旅行社更加严格。
参考资料：百度百科-携程旅行网；百度百科-飞猪