一、指代不同
1、APE：是流行的数字音乐无损压缩格式之一，因出现较早，在全世界特别是中国大陆有着广泛的用户群。
2、FLAC：FLAC是一套著名的自由音频压缩编码，为无损音频压缩编码。
二、压缩方式不同
1、APE：是以更精炼的记录方式来缩减体积，还原后数据与源文件一样，从而保证了文件的完整性。
2、FLAC：特点是无损压缩。不同于其他有损压缩编码如MP3及AAC，不会破坏任何原有的音频信息，所以可以还原音乐光盘音质。
三、特点不同
1、APE：有查错能力但不提供纠错功能，以保证文件的无损和纯正；其另一个特色是压缩率约为55%，比FLAC高，体积大概为原CD的一半，便于存储。
2、FLAC：是免费的并且支持大多数的操作系统，包括Windows，基于Unix Like内核（Linux，BSD，Solaris，IRIX，AIX等）而开发的系统，BeOS，OS/2，Amiga。
参考资料来源：百度百科-FLAC
参考资料来源：百度百科-ape
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