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合作医疗属于社保范畴，地域性强，具体到某个地方的办事流程还真是需要咨询当地有关部门。不过除了一些细节上不同外，大致报销流程可以分为如下几个部分：
一、报销所需资料
1、门诊报销携带资料：门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。
2、住院报销携带资料：住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
3、门诊特殊病报销携带资料：门诊发票、特殊病种合作医疗证历本。
4、办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。
二、报销流程：
参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
新型农村合作医疗报账指南
住院报账程序：
医院直接报账：
因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。