区别如下：
1、定义不同。自由贸易区通常指两个以上的国家或地区，通过签订自由贸易协定，相互取消绝大部
分货物的关税和非关税壁垒，取消绝大多数服务部门的市场准入限制。简而言之，自贸区是政府划
出特定的区域，准许外国商品豁免关税自由进出。
而保税区亦称保税仓库区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长
时间存储商品的区域。是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。
2、保税区在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，保税区货物进出境内、境外或区内
流动有不同的税收限制；而自由贸易区是在海关辖区以外的、无贸易限制的关税豁免地区。
3、保税区的货物存储有时间限定，一般为2～5年；而在自由贸易区内，货物存储期限不受限制。
4、由于保税区内的货物是“暂不征税”，对货物采用账册管理方式；而在自由贸易区，主要考虑货
畅其流为基本条件，多数自由贸易区采取门岗管理方式，运作手续更为简化，交易成本更低。
5、目前许多保税区的功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限；而自由
贸易区一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易比较发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能
带动区域经济的发展。
扩展知识：
保税区相关政策：
1、管理与税收。
根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他
地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠
的政策，同时保税区具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能。
2、审批与经营。
根据工商登记法律、法规，企业经营范围登记由工商行政管理部门主管。但是对于需要进行前置许
可性审批的经营范围的确定，需要申请人先就经营内容进行审批申报，而后进行工商登记。保税区
内企业的经营范围如果涉及前置审批项目同样需要现行报请相关部门许可后才能执行。
参考资料：百度百科-保税区
自由贸易区（free trade zone）通常指两个以上的国家或地区，通过签订自由贸易协定，相互取消绝大部分货物的关税和非关税壁垒，取消绝大多数服务部门的市场准入限制，开放投资，从而促进商品、服务和资本、技术、人员等生产要素的自由流动，实现优势互补，促进共同发展；有时它也用来形容一国国内，指一个或多个消除了关税和贸易配额、并且对经济的行政干预较小的区域。
保税区（Bonded Area ;the low-tax; tariff-free zone ;tax-protected zone)亦称保税仓库区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。
区别：
一是监管理念，从货物管理转变为企业管理;
二是贸易的开放度，实行与国际接轨的多元贸易模式;
三是政策的开放度，主要体现在投资管理和外汇政策。
其中，中国(上海)自由贸易试验区的最大特色是“境内关外”的特殊监管制度，即“一线”放开，“二线”管住。一线是指境外和区内之间的关系，货物在区内可自由出入境;二线指的是区内和境内之间的关系，货物从自由贸易区出入境内非自由贸易区要征收相应的税收。 其次，上海自贸区将突破现有的条框，更强调贸易和投资自由化。举例而言，尽管此前的外高桥保税区具备了国际上自由贸易园区的部分功能，但面对企业需求和经济发展需求，还存在一定差距。上海自贸区在相关制度方面的突破和创新，则有利于跨国公司内部的全球调拨，同时吸引更多金融机构在区内注册开业。具体措施包括，允许符合条件的民营资本与外资金融机构共同设立中外合资银行，允许融资租赁公司在区内设立单机单船子公司不设最低注册资本限制，以及在风险可控的前提下，对人民币资本项目可兑换进行先行先试等。本回答被提问者和网友采纳