自然生物处理法处理废水，可大体分为好氧处理和厌氧处理两大类。
一、好氧处理
好氧处理是利用好氧微生物在有氧环境下进行代谢，将废水中的有机物转化为无害的稳定物质，从而达到净化废水的目的。
好氧处理具有处理效果好、适用范围广、处理效率高等优点，因此在污水处理中得到了广泛应用。好氧处理的主要方法包括活性污泥法和生物膜法。
活性污泥法是通过培养和驯化活性污泥，使其在曝气池中形成良好的絮凝结构，从而实现对废水中有机物的有效去除。生物膜法则是通过在填料上培养微生物，形成一层生物膜，废水通过生物膜时，有机物被微生物吸附和降解，从而实现净化。
二、厌氧处理
厌氧处理是利用厌氧微生物在无氧环境下进行代谢，将废水中的有机物转化为沼气、二氧化碳和有机酸等物质，从而达到净化废水的目的。
厌氧处理具有能耗低、可以回收能源、降低运行成本等优点，因此在污水处理中也被广泛应用。厌氧处理的主要方法包括厌氧消化和厌氧滤池。
厌氧消化是通过控制厌氧消化条件，如温度、pH值、有机负荷等，使有机物在厌氧菌的作用下进行发酵，最终转化为沼气。厌氧滤池则是通过在滤料上培养厌氧微生物，使废水通过滤料时被微生物吸附和降解，从而实现净化。
三、自然生物处理法与其他处理方法的结合
自然生物处理法可以与其他污水处理方法结合使用，以实现更好的处理效果。例如，活性污泥法可以与生物膜法结合使用，形成复合式生物反应器，通过结合两种方法的优点，提高处理效率。此外，厌氧处理可以与好氧处理结合使用，形成厌氧-好氧联合处理工艺。
这种工艺首先通过厌氧处理将大分子有机物转化为小分子有机物，再通过好氧处理进一步降解和净化，从而提高处理效果。
此外，自然生物处理法还可以与物理或化学方法结合使用，例如沉淀法、吸附法、离子交换法等。这些方法的结合使用可以针对不同性质的废水，选择最合适的方法进行处理，从而达到更好的处理效果。