财务会计将“利润”作为一个会计要素，而非盈利组织会计并未将“结余”作为会计要素，但在会计核算中又规定设置了“结余分配”“事业结余”和“经营结余”科目，在收入支出表中也列出了“结余”和“结余分配”项目。从会计要素角度看，“结余”与“利润”并没有实质性区别，因而在1998年预算会计制度改革时，是否设“结余”要素就有很大争议。目前，预算会计理论界已普遍赞同把原来的五个要素改为六个要素(即增加“结余”要素)的设想。
政府及非盈利组织的资产负债表和收入支出表，与会计的资产负债表和损益表的性质相同，但非盈利组织的资产负债表却采用了类似于“科目汇总表”的结构形式，将所有科目按照“资产部类”和“负债部类”左右顺序排列，编制时只要把报告日的各科目余额直接填入即可。另外，非盈利组织由于采用修正的权责发生制(一般情况下采用收付实现制，实行内部成本核算的可采用权责发生制)，因而只有通过编制现金流量表才能反映其资金的收支结存情况，但现行非盈利组织会计准则没有编制现金流量表的规定。
根据政府机构改革的方案，除少数公益性非盈利组织仍由政府财政供给以外，绝大部分非盈利组织将逐渐取消财政拨款，以市场为导向，实行真正的自负盈亏。按照这种思路，非盈利组织实行自负盈亏后，有些业务性质与财务会计相同，其会计政策与会计核算要求与财务会计不会有大的差别。但现行制度规定非盈利组织会计采用的计量方法却不同于财务会计，如非盈利组织的固定资产不提折旧，不反映净值，不计提坏账准备和存货跌价准备等等。
非盈利组织会计准则虽然规定会计核算一般采用收付实现制度，但在非盈利组织会计制度中仍然设置了与企业财务会计基本相同的应收。应付科目，对一些应收未收和应付未付的收支项目采用权责发生制进行确认。可见，在非盈利组织会计实务中，大多数情况下实际采用的是权责发生制。另外，在非盈利组织会计准则和会计制度中没有明确规定的事项，如盘盈盘亏财产物资的处理程序、内部成本核算方法等都企业会计进行处理。