平行志愿学校专业录取顺序是先进行学校录取，再进行专业录取。
学校投档和录取：
按照考生的排位顺序，由计算机对每个考生所填报的平行学校志愿，依次检索。如果考生的分数达到了某个学校的投档条件，并且该学校还有招生名额，则将考生档案投到该学校，不再向其他学校投档。如果考生的分数没有达到任何一个学校的投档条件，则将考生档案退回。
专业投档和录取：
在被某个学校录取之后，还要被相应的专业录取。此时就要用到专业清和分数清的概念。专业清是指高校依据考生专业志愿顺序优先录取专业志愿靠前的考生，然后再按分数高低进行专业录取。分数清是指按照考生的分数从高到低依次录取，高分者优先录取。
调剂或退档：
如果考生被某个专业录取，则结束投档和录取过程。如果没有被任何一个专业录取，则需要看是否服从调剂。如果服从调剂，则由高校安排其他有空余名额的专业；如果不服从调剂，则将考生档案退回。
填报平行中原的建议：
1、正确参考往年的录取数据
考生在填报平行志愿时，要参考往年在本省招生高校的录取位次，而不是录取分数，因为录取分数会受到高考难度、人数、批次等因素的影响，而录取位次则更稳定和可靠。如果是专业为主的同学，就需要关注学校的专业录取位次了。最好参考三年以上的排位数据。
2、合理搭配平行志愿
考生在填报平行志愿过程中，最好采用“冲、稳、保、垫”的顺序，将志愿拉开梯度，不仅是学校，专业也是同样的，这样有助于最大限度保证考生能投档成功。每年很多学生退档都是一味冲热门院校和热门专业，没有形成合理的保底。建议留5个左右的保底院校，以防滑档。
3、建议要填“服从调剂”
服从调剂，是防止掉档的最后保障了，所以还是考生建议填上服从调剂。如果在投档时没有被任何一个平行志愿院校录取，或者被退档后没有其他可选院校，那么可以通过服从调剂来增加被其他院校录取的机会。