1、两侧对称
两侧对称从扁形动物开始出现了两侧对称的体型,即通过动物体的中央轴，只有一个对称面（或说切面）将动物体分成左右相等的两部分，因此两侧对称也称为左右对称。
2、中胚层
从扁形动物开始，在外胚层和内层胚之间出现了中胚层。中胚层的出现对动物体结构与机能的进一步发展有很大意义。
一方面由于中胚层的形成减轻了内、外胚层的负担，引起了一系列组织、器官、系统的分化，为动物体结构的进一步复杂完备提供了必要的物质条件，使扁形动物达到了器官系统水平。另一方面，由于中胚层的形成，促进了新陈代谢的加强。
3、皮肤肌肉囊
由于中胚层的形成而产生了复杂的肌肉构造，如环肌（circular muscle）、纵肌（longitudinal muscle）、斜肌(diagonal muscle)。
与外胚层形成的表皮相互紧贴而组成的体壁称为皮肤肌肉囊，它所形成的肌肉系统除有保护功能外，还强化了运动机能，加上两侧对称，使动物能够更快和更有效地去摄取食物，更有利于动物的生存和发展。在皮肌囊之内，为实质组织所充填，体内所有的器官都包埋于其中。
4、消化系统
消化系统与一般腔肠动物相似，通到体外的开孔既是口又是肛门，仅单咽目（Hyplopharyngida）涡虫，如单咽虫（Haplopharynx）有临时肛门，故称为不完善消化系统（incomplete digestive system）。除了肠以外没有广大的体腔。
肠是由内脏层形成的盲管，营寄生生活的种类,消化系统趋于退化（如吸虫纲）或完全消失（绦虫纲）。
5、排泄系统
从扁形动物开始出现了原肾管（ProtonePhridium）的排泄系统。它存在于这门动物（除无肠目外）所有类群。
原肾管是由身体两侧外胚层陷入形成的，通常由具许多分支的排泄管构成，有排泄孔通体外。每一小分支的最末端由焰细胞（flame cell）组成盲管。实际焰细胞是由帽细胞（cap cell ）和管细胞（tubule cell）组成。
帽细胞位于小分支的顶端,盖在管细胞上，帽细胞生有两条或多条鞭毛，悬垂在管细胞中央。鞭毛打动，犹如火焰，故名焰细胞。电镜下，在两个细胞间或管细胞上有无数小孔，管细胞连到排泄管的小分支上。
原肾管的作用，可能是通过焰细胞鞭毛的不断打动，在管的末端产生负压引起实质中的液体经过管细胞上细胞膜的过滤作用，CI－、K+等离子在管细胞处被重新吸收，产生低渗液体或水分，经过管细胞膜上的无数小孔进入管细胞、排泄管经排泄孔排出体外。
原肾管的功能主要是调节体内水分的渗透压同时也排出一些代谢废物。一些真正的排泄物如含氮废物是通过体表排出的。
6、神经系统
扁形动物的神经系统比腔肠动物有显著的进步。表现在神经细胞逐渐向前集中，形成脑及从“脑”向后分出若干纵神经索（longitudinal nerve cord）,在纵神经索之间有横神经（transverse commisure）相连。
在高等种类，纵神经索减少，只有一对腹神经索发达，其中有横神经连接如梯形（或称梯式神经系统）,脑与神经索都有神经纤维与身体各部分联系。可以说扁形动物出现了原始的中枢神经系统（central nervous system）。
这种神经系统虽比腔肠动物的网状神经系统高级，但它又是原始的,因为神经细胞不完全集中于“脑’，也分散在神经索中。
7、生殖系统
生殖系统大多数雌雄同体，由于中胚层的出现，形成了产生雌雄生殖细胞的固定的生殖腺及一定的生殖导管，如输卵管（oviduct）、输精管（vas deferens）等，以及一系列附属腺，如前列腺（prostate gland）、卵黄腺（vitellaria）等。
这样使生殖细胞能通到体外, 进行交配和体内受精。
与人类关系
est虫（带虫）和双基因（flu虫）会导致人类和牲畜的重要疾病，单基因会造成鱼类养殖场的严重损失。血吸虫病，也被称为比哈尔兹氏菌或蜗牛热，是仅次于疟疾的热带国家中第二大毁灭性寄生虫病。在卡特中心估计有两亿人在74个国家感染了这种疾病，并且半灾民生活在非洲。
条件具有低死亡率，但往往是一种慢性疾病，可损害内脏。它可能会损害增长并儿童的认知发展，并增加成人患膀胱癌的风险。该疾病是由血吸虫属的几种吸虫引起的，这些吸虫可贯穿人的皮肤。最危险的人是那些使用被感染的水进行娱乐或洗衣的人。
由于社会趋势，发达国家对人类的威胁正在增加：有机农业的增加，有机农业使用粪便和污水污泥而不是人造肥料，并直接或通过以粪便为食的海鸥粪便传播寄生虫和污泥；
生或轻度烹制的食品越来越受欢迎；从高风险地区进口肉类，海鲜和色拉蔬菜；与其他公共卫生问题（例如污染）相比，其根本原因是降低了人们对寄生虫的认识。
在欠发达国家中，卫生设施和人类使用不足粪便（夜土壤）作为肥料和养鱼场的池塘继续传播寄生性蠕虫，设计不当的供水和灌溉项目为它们的传播提供了额外的渠道。这些国家的人们通常负担不起彻底煮熟食物以杀死寄生虫所需的燃料成本。
控制感染人类和牲畜的寄生虫变得更加困难，因为许多物种已经对曾经有效的药物产生了抗药性，这些药物主要用于杀死肉类中的少年。虽然较贫穷的国家仍在应对意外感染，但据报导，在美国，因急于减肥而节食的人有故意感染的案例。
以上内容参考 百度百科-扁形动物门