妨害传染病防治罪和危害公共安全罪区别如下：
1、两罪在法律规定上的差异。构成妨害传染病防治罪的前提条件是要引起甲类传染病传播或者有传播的严重危险，危害公共安全罪是一种对生命健康或公私财产造成极大损害的严重性社会犯罪；
2、两罪在构成要件层面的差异。犯罪主体不同，危险方法危害公共安全罪其犯罪主体为一般主体，即年满16周岁，精神正常的自然人，其犯罪主体为已经确诊的新型冠状病毒感染肺炎病人、病原携带者以及新型冠状病毒感染肺炎疑似病人。妨害传染病防治罪的犯罪主体则为一般主体，包括自然人和单位，其主体范围比前罪更宽泛；犯罪客体不同，以危险方法危害公共安全罪的犯罪客体是国家对社会公共安全的管理秩序，这里的“公共安全”是指不特定多数人的生命、健康和重大公私财产安全。而妨害传染病防治罪的犯罪客体是国家关于传染病防治的管理秩序。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》
第三百三十条违反传染病防治法的规定，有下列情形之一，引起甲类传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑：（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；（二）拒绝按照卫生防疫机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的；（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；（四）拒绝执行卫生防疫机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。甲类传染病的范围，依照《中华人民共和国传染病防治法》和国务院有关规定确定。