分子和原子是不能编程的。它们是构成物质的两种微粒（物质还有可能是离子构成的，如大部分金属氧化物和盐类）。
一、分子。
分子是物质中能够独立存在的相对稳定并保持该物质物理化学特性的最小微粒。分子由原子构成，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。以水分子为例，如果把一烧杯水不断分离下去，直至不破坏水的特性，这时出现的最小微粒是由两个氢原子和一个氧原子构成的一个水分子（H2O）。一个水分子可用电解法再分为两个氢原子和一个氧原子，但这时它的特性已和水完全不同了。有的分子只由一个原子构成，称单原子分子，如氦和氩等分子属此类，这种单原子分子既是原子又是分子。由两个原子构成的分子称双原子分子，例如氧分子(O2)和一氧化碳分子(CO)：一个氧分子由两个氧原子构成，为同核双原子分子；一个一氧化碳分子由一个氧原子和一个碳原子构成，为异核双原子分子。由两个以上的原子组成的分子统称多原子分子。分子中的原子数可为几个、十几个、几十个乃至成千上万个。例如一个二氧化碳分子(CO2)由一个碳原子和两个氧原子构成。一个苯分子包含六个碳原子和六个氢原子(C6H6)。
分子结构涉及原子在空间中的位置，与键结的化学键种类有关，包括键长、键角以及相邻三个键之间的二面角。
原子在分子中的成键情形与空间排列：分子结构对物质的物理与化学性质有决定性的关系。最简单的分子是氢分子，1克氢气包含1023个以上的氢分子。一个水分子中2个氢原子都连接到一个中心氧原子上，所成键角是104.5°。分子中原子的空
阿司匹林分子渗透模型
间关系不是固定的，除了分子本身在气体和液体中的平动外，分子结构中的各部分也都处于连续的运动中。因此分子结构与温度有关。分子所处的状态（固态、液态、气态、溶解在溶液中或吸附在表面上）不同，分子的精确尺寸也不同。
因尚无真正适用的分子结构理论，复杂分子的细致结构不能预言，只能从实验测得。量子力学认为，原子中的轨道电子具有波动性，用数学方法处理电子驻波（原子轨道）就能确定原子间或原子团间键的形成方式。原子中的电子轨道在空间重叠愈多，形成的键愈稳定。量子力学方法是建立在实验数据和近似的数学运算（由高速电子计算机进行运算）相结合的基础上的，对简单的体系才是精确的，例如对水分子形状的预言。另一种理论是把分子看成一个静电平衡体系：电子和原子核的引力倾向于最大，电子间的斥力倾向于最小，各原子核和相邻原子中电子的引力也是很重要的。为了使负电中心的斥力减至最小，体系尽可能对称的排列，所以当体系有2个电子对时，它们呈线型排列（π），如乙炔；有3个电子对时呈三角平面排列，键角3π/2，如乙烯。有些分子是由一个原子构成的，如氦气、氖气、氩气等，是无化学键的。
1.分子之间有间隔。例如：取50毫升酒精和50毫升水，混合之后，体积小于100毫升。就好像一碗芝麻与一碗黄豆混合时，细小的芝麻粒钻进颗粒较大的黄豆的间隙中，混合后占有的体积小于两碗。
2.一切构成物质的分子都在永不停息地做无规则的运动。温度越高，分子扩散越快，固、液、气中，气体扩散最快。由于分子的运动跟温度有关，所以这种运动叫做分子的热运动。例如：天气热时衣服容易晒干
3.一般分子直径的数量级为10^-10m。
4.分子很小，但有一定的体积和质量。
5.同种物质的分子性质相同，不同种物质的分子性质不同。
分子的构型和构象相同成分的分子中，若原子的排列次序和排列方式不同，可形成不同的分子。例如两个碳原子、六个氢原子和一个氧原子，可以排列为乙醇分子，也可以排列为二甲醚分子，它们的结构式所示分子的结构式反映分子内部原子的排列次序。组成分子的成分相同，而排列次序不同，形成两种或两种以上的分子，这种现象称为同分异构现象，这些成分相同结构不同的分子称为同分异构体。
要反映分子中各种原子的真实数量，就要利用化学式。例如乙烯和丙烯的化学式分别为C2H4和C3H6。但化学式相同并不代表两种分子是一样的物质的分子，因为分子中原子的排列和组合，亦即分子的结构，也是决定分子性质的要素。同样的原子但排列不同的分子叫同分异构体。同分异构体有同一化学公式但因不同结构的关系有不同的特质。立体异构体是一种特别的异构体，它们可以有很相似的物理及化学性质，而同时有十分不同的生物化学性质。
由量子力学的定律的演算，分子有固定的平衡几何状态——键的长度和之间的角度。纯物质都是由相同几何结构的分子组合而成的。分子的化学式和结构是决定它的特质，尤其是它的化学活性的两要素。
二、原子。
原子（atom）指化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。但在物理状态中可以分割。原子由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有118种。因此具有核式结构。
原子是一种元素能保持其化学性质的最小单位。一个正原子包含有一个致密的原子核及若干围绕在原子核周围带负电的电子。而负原子的原子核带负电，周围的负电子带正电。正原子的原子核由带正电的质子和电中性的中子组成。负原子原子核中的反质子带负电，从而使负原子的原子核带负电。当质子数与电子数相同时，这个原子就是电中性的；否则，就是带有正电荷或者负电荷的离子。根据质子和中子数量的不同，原子的类型也不同：质子数决定了该原子属于哪一种元素，而中子数则确定了该原子是此元素的哪一个同位素。[2] 原子构成分子而分子组成物质中同种电荷相互排斥，不同种电荷相互吸引。
原子直径的数量级大约是10⁻¹⁰m。原子的质量极小，一般为-27次幂，质量主要集中在质子和中子上。原子核外分布着电子，电子跃迁产生光谱，电子决定了一个元素的化学性质，并且对原子的磁性有着很大的影响。所有质子数相同的原子组成元素，每种元素大多有一种不稳定的同位素，可以进行放射性衰变。
原子最早是哲学上具有本体论意义的抽象概念，随着人类认识的进步，原子逐渐从抽象的概念逐渐成为科学的理论。原子核以及电子属于微观粒子，构成原子。而原子又可以构成分子。
化学变化中的最小微粒。
人们以前认为原子是构成物质的最小粒子，所以原子在希腊文的含义是“不可分割的”，但其实，原子又可以分为原子核与核外电子，原子核又由质子和中子组成，而质子数正是区分各种不同元素的依据。质子和中子还可以继续再分。所以原子不是构成物质的最小粒子，但原子是化学反应中的最小粒子。
①原子的质量非常小。
②不停地作无规则运动。
③原子间有间隔。
④同种原子性质相同，不同种原子性质不相同。
原子是一种元素能保持其化学性质的最小单位。一个原子包含有一个致密的原子核及若干围绕在原子核周围带负电的电子。原子核由带正电的质子和电中性的中子组成。原子是化学变化的最小粒子，分子是由原子组成的，许多物质是由原子直接构成的。
原子的英文名是从希腊语转化而来，原意为不可切分的。很早以前，希腊和印度的哲学家就提出了原子的不可切分的概念。17和18世纪时，化学家发现了物理学的根据：对于某些物质，不能通过化学手段将其继续的分解。19世纪晚期和20世纪早期，物理学家发现了亚原子粒子以及原子的内部结构，由此证明原子并不是不能进一步切分。量子力学原理能够为原子提供很好的模型。
行星模型由卢瑟福在提出，以经典电磁学为理论基础，主要内容有：
①原子的大部分体积是空的。
②在原子的中心有一个体积很小、密度极大的原子核。
③原子的全部正电荷在原子核内，且几乎全部质量均集中在原子核内部。带负电的电子在核空间进行高速的绕核运动。
原子尽管很小，用化学方法不能再分，但用其他方法仍然可以再分，因为原子也有一定的构成。原子是由中心的带正电的原子核和核外带负电的电子构成的（反物质相反），原子核是由质子和中子两种粒子构成的，电子在核外较大空间内做高速运动。
电子是最早发现的亚原子粒子，到目前为止，电子是所有粒子中最轻的，只有9.11×10⁻³¹kg，为氢原子的[1/1836.152701(37)]，是密立根在1910年前后通过著名的“油滴实验”做出的。电子带有一个单位的负电荷，即4.8×10⁻¹⁹静电单位或1.6×10⁻¹⁹库伦，其体积因为过于微小，现有的技术已经无法测量。
电子具有波粒二象性，不能像描述普通物体运动那样，肯定他在某一瞬间处于空间的某一点，而只能指出它在原子核外某处出现的可能性（即几率）的大小。电子在原子核各处出现的几率是不同的，有些地方出现的几率大，有些地方出现的几率很小，如果将电子在核外各处出现的几率用小黑点描绘出来（出现的几率越大，小黑点越密），那么便得到一种略具直观性的图像。这些图像中，原子核仿佛被带负电荷的电子云物所笼罩，故称电子云。
原子中所有的质子和中子结合起来就形成了一个很小的原子核，它们一起也可以被称为核子。原子核的半径约等于1.07×A^1/3 fm，其中A是核子的总数。原子半径的数量级大约是105fm，因此原子核的半径远远小于原子的半径。核子被能在短距离上起作用的残留强力束缚在一起。当距离小于2.5fm的时候，强力远远大于静电力，因此它能够克服带正电的质子间的相互排斥。
原子核由质子与中子组成（氢原子核只有一个质子），质子由两个上夸克和一个下夸克组成，带一个单位正电荷，质量是电子质量的1836.152701(37)倍，为1.6726231(10)×10⁻²⁷kg，然而部分质量可以转化为原子结合能。拥有相同质子数的原子是同一种元素，原子序数=质子数=核电荷数=核外电子数。
中子由一个上夸克和两个下夸克组成，两种夸克的电荷相互抵销，所以中子不显电性，但，认为“中子不带电”的观点是错误的。
而对于某种特定的元素，中子数是可以变化的，拥有不同中子数的同种元素被称为同位素。中子数决定了一个原子的稳定程度，一些元素的同位素能够自发进行放射性衰变。
质量数（mass number）——由于质子与中子的质量相近且远大于电子，所以用原子的质子和中子数量的总和定义相对原子质量，称为质量数。
原子的静止质量通常用统一原子质量单位（u）来表示，也被称作道尔顿（Da）。这个单位被定义为电中性的碳12原子质量的十二分之一，约为1.66×10⁻²⁷kg。氢最轻的一个同位素氕是最轻的原子，重量约为1.007825。最重的稳定原子是铅-208，质量为207.9766521。
摩尔的定义是对于任意一种元素，一摩尔总是含有同样数量的原子，约为6.022×10²³个
例如，氢元素的相对原子质量为1，一摩尔氢原子的质量就为（1.66×10⁻²⁷x6.022×10²³=9.99652x10⁻⁴≈10x10⁻⁴=0.001kg）0.001kg，也就是1克。例如，碳-12的原子质量是12u，一摩尔碳的质量则是0.012kg。
有些物质，如金属单质（例：铁、铜、铝等）、少数非金属单质（例：金刚石、石墨、红磷等）、稀有气体（例：氦气、氖气、氩气）等都是由原子直接构成的。
原子没有一个精确定义的最外层，通常所说的原子半径是根据相邻原子的平均核间距测定的。
共价半径
我们测得氯气分子中两个Cl原子的核间距为1.988Α，就把此核间距的一半，即0.994Α定为氯原子的半径，此半径称为共价半径。共价半径为该元素单质键长的一半。
金属半径
另外，我们也可以测得金属单质比如铜中相邻两个铜原子的核间距，其值的一半称为金属半径[14] 。
范德华半径
指在分子晶体中，分子间以范德华力结合，如稀有气体相邻两原子核间距的一半。
在元素周期表中，原子的半径变化的大体趋势是自上而下增加，而从左至右减少。因此，最小的原子是氢，半径为0.28Α；最大的原子是铯，半径为2.655Α。因为这样的尺寸远远小于可见光的波长（约400～700nm），所以不能够通过一般的光学显微镜或电子显微镜来看到。然而，使用扫描隧道显微镜，我们能够看到单个原子。
希望我能帮助你解疑释惑。
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