1、分类不一样：外切酶按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶。核酸内切酶分为DNaseⅠ和DNaseⅡ。
2、应用不一样：外切酶可以用来测定基因组DNA中一些特殊的间隔序列和编码序列的位置。核酸内切酶可用于分析病原微生物DNA，通过酶切消化DNA，来了解到病原微生物遗传物质的一定特性，对于动物病毒尤其是对疫苗毒、野毒及变异毒株的检测具有重要的意义。
3、概念不一样：外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。核酸内切酶是在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶。
扩展资料：
核酶是有催化活性的RNA, 即化学本质是RNA,却具有酶的催化功能。核酶的功能很包括切割RNA、切割DNA,、连接RNA、磷酸酶活性等。
与蛋白质酶相比，核酶的催化效率较低，是一种较为原始的催化酶。核酶可降解特异的mRNA序列。核酶又称核酸类酶、酶RNA、核酶类酶RNA。 它的发现打破了酶是蛋白质的传统观念。有一些RNA分子同样具有催化功能。
核酶的具体作用主要有：
1、核苷酸转移作用。
2、水解反应，即磷酸二酯酶作用。
3、磷酸转移反应，类似磷酸转移酶作用。
4、脱磷酸作用，即酸性磷酸酶作用。
5、RNA内切反应，即RNA限制性内切酶作用。
而核酸酶包括核酸外切酶和核酸内切酶、核酸连接酶，不同来源的核酸酶，其专一性、作用方式都有所不同。有些核酸酶只能作用于RNA，称为核糖核酸酶(RNase)。
有些核酸酶只能作用于DNA，称为脱氧核糖核酸酶(DNase)，有些核酸酶专一性较低，既能作用于RNA也能作用于DNA，因此统称为核酸酶(nuclease)。
根据核酸酶作用的位置不同，又可将核酸酶分为核酸外切酶(exonuclease)和核酸内切酶(endonuclease)。主要作用于DNA和RNA，起到连接、切割DNA或RNA中碱基序列的作用，其本质一般为蛋白质。
因此，核酶和核酸酶的主要区别就是核酸酶为蛋白质成分，可分解核酸，而核酶成分为RNA，起到微弱的核酸酶活性。
参考资料：百度百科-核酸内切酶
参考资料：百度百科-核酸外切酶