上海市徐汇区的档案管理机构采取了一体化的运作模式，即徐汇区档案局与徐汇区档案馆共用一个机构，但各自拥有独立的标识。在内部结构上，区档案局（馆）设有五个核心部门，分别是：
1. 办公室，负责日常管理和协调工作。
2. 登记监管科，主要负责档案的接收、登记和监管工作。
3. 业务指导科，对区内各部门的档案工作提供专业指导和支持。
4. 档案管理科，专注于档案的分类、保管和检索服务。
5. 方志办，致力于地方志的编纂和研究。
目前，机构领导层包括局长（馆长）1名，副局长（副馆长）1名，正副科长（主任）共5名，构成了一支高效的管理团队。
关于经费，徐汇区的档案事业经费被单独列入年度财政预算，且随着事业的不断发展，经费预算逐年得到增长，以确保档案工作的正常运行和持续提升。