苏联之所以被称为苏联，就是因为他是由十五个社会主义共和国本着自愿的原则共同组成的一个联邦制国家，最初是由俄罗斯联邦为主体加上，亚美尼亚、阿塞拜疆、白俄罗斯、格鲁吉亚、哈萨克斯坦、吉尔吉斯、摩尔多瓦、塔吉克斯坦斯坦、土库曼斯坦、乌克兰和乌兹别克斯坦以及波罗的海三国——立陶宛、爱沙尼亚和拉脱维亚共同组成的苏维埃社会主义联邦（简称苏联）。而这加盟的十四个国家中，最晚加入，也是不愿意加入，实际是以苏联侵略行为占有 三个国家就是波罗的海三国——立陶宛、爱沙尼亚和拉脱维亚。
应该说，波罗的海三国在20世纪前，很少以独立面目出现。这三个地区中的立陶宛不是属于沙皇俄国，就是属于波兰，而爱沙尼亚和拉脱维亚都是原先中世纪德意志骑士团一部分。然后就是历史300多年的沙皇俄国殖民统治。在二十世纪初，波罗的海三国利用一战以后欧洲诸国疲敝，德国战败，俄罗斯帝国的崩溃，苏联建立的有利形势，在1914年把还看似遥不可及的独立时机把握在了自己的手里，应该说，这个机遇真的是转瞬即逝。在德国政府签订《凡尔赛和约》之后，在1917年12月，立陶宛民族委员会宣布：立陶宛脱离德国政府统治 恢复成立立陶宛共和国，德国魏玛共和国被迫宣布同意立陶宛脱离德国联邦政府 。1918年1月，拉脱维亚国民议会宣布成立独立的共和国，1918年2月，爱沙尼亚长老委员会宣布脱离苏联独立，并建立临时政府。
基于民族独立原则，列宁同意爱沙尼亚独立，在1920年2月2日，爱沙尼亚与苏联政府签署《塔尔图和约》。苏联承认爱沙尼亚独立。同年8月11日，苏联在同样承认拉脱维亚独立。苏联承认爱沙尼亚和拉脱维亚独立更多的是无奈。面对欧洲各国和国内暴乱，还有波兰军事威胁，苏联除了承认波罗的海三国独立之外，别无他法，这也是二战期间，苏联为何把波罗的海三国纳入自己版图的原因之一，因为苏联始终认为这些地区是苏联领土，在1920年7月12日苏联政府承认和放弃对立陶宛领土要求的承诺。1921-1922年，波罗的海三国加入国联。
从1920年到1940年期间，无疑是波罗的海三国的黄金时代，三个国家的经济，教育，文化尤其发达，在1926年，每280名爱沙尼亚人中就有1人受过大学教育，这一比例高于德国、瑞典或者芬兰。由于东欧存在的历史恩怨，以及面临苏联这个吞金巨兽，波罗的海三国又是刚刚独立的小国，所以在国际问题是上，波罗的海经常采取回避的态度。也就是说，三国对于国家安全重视不够，不过想想也有是，面对苏联这样一个大国，再重视也没用。为了避免自己卷入大国之间的外交和政治纷争。因此独立初期，三国基本上都处于一种类似于中立的态度处理外交事务，三国之间彼此联系也不多，直到苏联和芬兰战争爆发，德国纳粹上台以后。波罗的海三国才预感到事情不妙，于是在1934年9月，波罗的海三国缔结结盟协定。意图抱团取暖。但此时已经是为时已晚。
而且一协定仅仅是落实在纸面上，不仅缺乏统一的协调机构来落实政策，更加缺乏的是彼此的信任度。军事统一指挥系统始终没有建立起来。但这个时候，苏联与德国的秘密协议开始签署，波罗的海三国就成为希特勒的筹码，是送给斯大林的礼物，但问题是苏联认为这不应该是谈判的条件，斯大林的胃口远远高于希特勒的想象。无奈之下，希特勒只有同意斯大林本人的意见，两国瓜分波兰这《苏德互不侵犯条约》的核心内容。对于苏联来说，波罗的海三国纳入苏联范围是一个极为诱人的条件，列宁格勒（圣彼得堡）的安全依赖于波罗的海沿岸的海空军基地，而列宁格勒（圣彼得堡）不仅是第二大城市，还是重要的军事工业基地。斯大林急于乘着一度的法西斯敌人、现在的盟友德国挑战国际秩序时，将疆界尽可能向西推移，即沿芬兰、波罗的海三国、西白俄罗斯与西乌克兰一线。如此一来，苏联将恢复到沙皇时代的边境线。
1939年8月15日，苏德双方签署了《互不侵犯条约》。约定波兰将被德苏瓜分，而芬兰、爱沙尼亚和拉脱维亚纳入苏联势力范围，而立陶宛纳入德国势力范围。苏联与德国都是拿他国领土作为自己的利益交换，真是恬不知耻。1939年9月1日，德国闪击波兰。第二次世界大战正式爆发。随后，德国与苏联调整了之前的势力范围约定，德国为了将获得更多的波兰领土，作为交换，立陶宛则被被转入苏联的势力范围。与此同时，迫不及待的斯大林代表苏联政府向波罗的海三国发出最后通牒，逼迫三国各自苏联签署共同防御协议，允许苏联在欧洲战争持续期间，在三国驻军：苏联在波罗的海三个国驻军总数为75000人。而此时波罗的海三国全部武装力量也不过两万人。
从1940年开始，德国纳粹全面入侵西欧各国。法国不到一个月宣布投降，苏联则加紧了对波罗的海三国的控制，在1940年6月初，苏联指控波罗的海三国对苏不友好，6月14日，苏联政府向立陶宛总统斯梅托纳发出最后通牒，立陶宛在抵抗无效情况下被苏联占领，另外两国也是以类似方式，兵不血刃地落入被占领境地。在苏联政府的监督下，波罗的海三国举行投票，在投票率接近100%下，等额选举方式组成的新议会发表决议，宣布本国成为苏维埃共和国，随后，苏联在8月3-6日，批准这三国加入苏维埃联盟的申请。斯大林用了一句话：波罗的海三国停止存在。但他做梦都想不到，半个世纪以后，同样一句话也会用在苏联的身上。
就此苏联大量的党政干部，俄罗斯公民从中央和其他加盟共和国调入波罗的海三国。1941年6月，纳粹德国发起对苏联巴巴罗萨计划。开始了对苏联的全面入侵。此时的波罗的海三国站在和德国人一条战线上，但1945年，在经历了四年的德国占领后，苏联又一次卷土重来，恢复了对波罗的海三国的统治，出于最初的谈判条件，美英承认了苏联对波罗的海三国的主权要求，小国的悲哀就在于此。永远都是大国的棋子。
而苏联为了加强对波罗的海三国的控制，从1945年开始，不断地向三国移民，出台人口替代政策，使用俄裔居民冲淡当地民族的人口比例。尽管在苏联大力鼓励移民，但俄裔居民还是无法达到过半的比例。直到苏联解体前夕，波罗的海本民族人口仍然占到80%。原因就是俄罗斯本国人口本身就少，苏联人当中的俄罗斯族根本不够用。
从20世纪80年代末开始，随着苏联国力的不断衰退，波罗的海三国独立呼声不断高涨。1990年2月，爱沙尼亚公民选举了成员为464人的爱沙尼亚议会。5月，爱沙尼亚最高苏维埃宣布恢复“爱沙尼亚共和国”的国名，规定只有经过该苏维埃批准的法令才可以在爱沙尼亚施行。1990年3月11日，立陶宛最高议会通过了《立陶宛国家重建法案》，决定脱离苏联独立，是加盟共和国中第一个吹响独立号角的。1990年5月4日，拉脱维亚紧随其后宣布独立。1991年8月20日，爱沙尼亚在三国中最后一个宣布独立。9月6日，苏联戈尔巴乔夫宣布承认波罗的海三国独立。9月17日，波罗的海三国加入联合国，当年12月26日，苏联停止存在，宣告解体。2004年5月1日，波罗的海三国又加入北约与欧盟。