伯都讷地方始设副都统时，辖境较宽，大致为今松原市宁江区江北地区、扶余县、榆树市三县市区。
清光绪三十一年（1906年）以后新城府时期，以汇塘沟、珠尔山为界，其东属榆树地，其西属新城府，辖境与1983年9月以前扶余市辖区同。
1983年9月，改32个人民公社为乡，人民公社改称乡人民政府，乡下辖村、社；保留扶余、长春岭、陶赖昭、五家站镇，国营农场不变。
1987年，扶余县共有9镇、26乡和两个国营农场。各乡镇计辖22个街道、474个村。
1995年扶余区辖10个街道办事处，25个乡，10个镇，两个国营农场。483个行政村。
1995年12月，扶余县辖四马架乡、永平乡、社里乡、新站乡、更新乡、徐家店乡、伊家店乡、石桥乡、三义乡、肖家乡、榆树沟乡、新城局乡、大三家子乡、二龙山乡、拉林乡、万发乡、大林子乡、七家子乡等18个乡，长春岭镇、五家站镇、陶赖昭镇、蔡家沟镇、三岔河镇、弓棚子镇、三井子镇、增盛镇等8个建制镇。另有国营伊家店农场和两个灌区。
2005年乡镇合并。2006年社里乡划归松原市，扶余市辖三骏乡、永平乡、新站乡、更新乡、伊家店乡、肖家乡等6个乡，长春岭镇、五家站镇、陶赖昭镇、蔡家沟镇、三岔河镇、弓棚子镇、三井子镇、增盛镇、大林子镇、新万发镇、新源镇等11个建制镇。另有国营伊家店农场和两个灌区。 扶余市坐落在嫩江、松花江的冲击平原上，东经125°0′—126°10′、北纬44°44′—44°30′之间，处在吉林省西北部、松原市东部，位于吉林省长春市、黑龙江省哈尔滨市的中间。东与榆树市接壤，南接德惠市，北以松花江、拉林河为界与黑龙江省双城市、肇源县为邻，西与松原市宁江区毗邻且和前郭尔罗斯蒙古族自治县、农安县隔松花江相望。幅员面积4658平方公里。
扶余属东部温带季风气候区，大陆性明显。四季分明，春季干旱多风；夏季湿热多雨；秋季温和凉爽；冬季漫长寒冷，降雪稀少，江河结冰，大地封冻时间长。按照10℃—22℃区间标准划分季节，扶余春季为5月1 日至6月24日，间日55天；夏季为6月24日至8月13日，间日50天；秋季为8月13日至9月30日，间日47天；冬季为9月30日至5月1 日，间日213天。
扶余市全年太阳辐射量东西部平均每平方厘米108.5千卡；百年平均气温4.5℃，年无霜期145天。降雪、初冰在10月下旬或11月上旬。稳定结冰期在11月下旬，平均冰厚0.95米左右。大地封冻期在11月中旬，冻土深1.3—2.0米。解冻在3月下旬至4 月上旬之间。
扶余市大气平均降水145.8毫米，总量约为25.83亿立方米，年平均地表流量0.93亿立方米。由于受太平洋副热带高压强弱影响，降水量年际变化较大，多时在650毫米以上，少时不足300毫米，而且分布不均，由东向西呈递减趋势。受夏季气压形式和松辽平原地形风洞的影响，境内常刮西南大风。 2012年，扶余市社会消费品零售总额实现90亿元，完成计划的100%，比2011年增长23.6%。各类金融机构存款余额达61.3亿元，比2011年增长4%；贷款余额达38.5亿元，比2011年增长5.5%。公路货运周转量达到166086万吨公里，比2011年增长17%；客运周转量达到95678万人公里，比2011年增长7%。锦绣华城、新天地、文府上苑、英伦东郡、德卡新城、金元小区等房地产开发项目都已开工建设，总建筑面积超过40万平方米。
