按灌溉水的管理方式不同，水稻育苗可分为三种方式，即水育苗、湿润育苗和旱育苗。
水育苗：水整地水作床，带水播种，育苗全过程除防治绵腐病、坏种烂秧及露田扎根外，一直都建立水层。
湿润育苗：水整地水作床湿播种，出苗后根据秧田缺水程度，间歇灌水，以湿为主。
旱育苗：旱整地旱作床旱播种，人工浇水补水，整个育苗过程不建立水层，秧田后期可以沟灌润水或视情况灌跑马水。
按育苗方法不同，有裸地育苗和塑料薄膜保温育苗。保温育苗因栽培方法和地区不同，又有塑料大棚、中棚和隧道式拱棚育苗或平铺育苗。按播种下垫不同，有无土育苗和有土育苗，有露地播种育苗和隔离层育苗（软盘、钵盘、有孔地膜及其他物质）。有旱田、园田、庭院、大地高台及本田育苗。按保温材料不同，有塑料薄膜有孔、无孔薄膜覆盖、无纺布覆盖和地膜双层覆盖等育苗方式。有宽床、窄床育苗及开闭式上通风和下通风等育苗方式，具体应用哪种方式则应因地制宜，根据实际情况运用。
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