“庄稼一枝花，全靠肥当家”。药用植物在生长发育过程中必须从土壤中吸收氮、磷、钾、钙、镁、硫、铁、锰、铜、锌、硼、钼等营养元素。其中氮、磷、钾需要量较大，称为大量元素，也就是肥料三要素。但在土壤中的含量有限，因此，必须通过人工施肥，加以补充，否则，药用植物缺氮，植株长势不旺盛，开花提早，结实减少。但氮素也不能过多，否则会引起徒长，茎秆细长，容易倒伏。药用植物缺磷，根系不发育，开花延迟，籽粒干瘪。
缺钾则植株茎秆细弱，抗逆性差，易罹病虫危害。上面所提到的营养元素中的其他元素，称微量元素，虽然药用植物需要量较小，但也不能缺少。如栀子缺铁，叶色变黄；山茱萸缺硼，易引起落花落果等等。目前我国肥料主要分有机肥和无机肥两大类。有机肥主要是指农家肥，如厩肥、堆肥、人畜粪尿等，肥料养分全面，施入后被土壤微生物分解释放出养分，供药用植物吸收利用，又能改良土壤结构，调节土壤酸碱度，还有益于土壤中微生物的活动。
因此，多施有机肥才能获得优质高产。无机肥主要指化肥，养分单一，但有效养分高，体积小，易溶于水，肥效快。在药用植物生长期间，适当配合施用速效化肥，对植物的正常生长发育可起促进作用。