“双一流”建设大学及建设学科的认定选拔程序主要分为四个阶段。
第一阶段是按照《总体方案》 《实施办法》成立“双一流”建设专家委员会，充分发挥高级别战略专家的作用，具体承担选定和审查建设方案的相关工作。
第二阶段，计划依靠专家委员会，以学科为基础确定选拔认可标准，编制高校名单，建设学科。具体分为三个部分。首先，综合考虑对第三方评价的权威性、影响力、高校认可等因素，论证采用的第三方评价结果。然后，反映中国特色学科评价，特别是人才培养和学科水平评价，酌情参考国际评价，综合考虑国家战略、行业地区市级、不可替代性等因素，论证一流学科建设高校认定标准。最后，根据认定标准，选定了137个一流学科建设高校建议目录，相应地建立了建设学科。
在一流学科建设高校建议目录的基础上，综合评价论证提出了42所一流大学建设高校的建议。一流大学建设高校全面提高以一流学科为基础的学校整体建设、重点建设、人才培养水平和创新能力。一流学科建设高校以优势学科建设为重点，促进特色发展。之后，根据专家委员会的建议，3个部位审议并确定了“双一流”建设高校和建设学科名单。
第三阶段是确定建设高校的建设方案。建设高校，编制论证建设方案，经所属省级人民政府或主管部门审查后向三部委报告。专家委员会审议建设高校的建设方案，首先坚定政治观，接着坚持综合评价和内涵发展方向，并根据矫正建设方案提出具体咨询意见。三部位研究后，根据咨询意见通知相关高校修改建设方案，检查修改改善情况。
第四阶段，三部门根据专家委员会的意见，研究确定了一流大学、一流学科建设高校及建设学科，报国务院批准。
一流大学建设高校要具备先进的经营理念，办学实力强，社会认知度高，具有一定数量的国内领先和国际领先水平的学科，在改革创新和现代大学制度建设中取得显著成就。一流学科建设高校应具备国内领先或国际前沿的高水平学科，对服务国家战略需求、经济社会发展具有重要作用。
具体来说，在人才培养方面要有优质的本科生教育和研究生教育，人才培养质量要得到社会的高度认可。在科研方面，合作创新成果显著，可以为经济社会发展提供有效支持。在社会服务方面，产学研究的深度融合和社会服务贡献突出。在文化传承创新方面可以带动进步，形成特色鲜明的大学精神和文化。在师资队伍建设方面，可以聚集一流人才，形成优秀的教师队伍。在国际交流合作方面可以深入参与国际活动，国际影响力比较强。
决定大学建设的方法是什么？
建设高校坚持公平正义、开放竞争、优良建设原则，采用专家认定标准、综合认定建设范围的方式，开放竞争、动态调整，不再单独组织申报审查。
选拔工作主要委托专家委员会进行。教育部、财政部、国家发展改革委将从政府相关部门、高校、科研机构、行业组织选拔高层战略专家，组成专家委员会。专家委员会根据《方法》规定的选拔条件，利用国内外有影响力的第三方评价情况及其他因素，确定建设高校认定标准，根据认定标准的选定，制定建设高校建议目录，报国务院批准后确定。
采用这种选拔方式，可以充分发挥专家作用，提高选拔工作的科学性和权威性，避免重复评价和突击举报，片面追求数量指标等不良现象。
对高校研究制定“双一流”建设方案有什么要求？
《实施办法》指出，高校应根据自身实际，结合学校综合改革方案和专家委员会咨询建议，合理选择建设路径，科学编制整体建设方案和分校建设方案。
建设学科的口径和范围由高校自主决定。鼓励高校积极支持接近或达到世界先进水平的学科，发展新兴学科、交叉学科，提高国家自主创新能力和核心竞争力。积极部署国家急需、支持产业转型升级或支持地区发展的学科，解决经济社会重大战略问题，提高服务国家发展的能力。
高校要以人才培养为核心，统筹安排建设和改革任务，提出系统的审查指标体系，形成各方积极参与的长效建设机制，避免平均力量或碎片化。制定的建设方案要组织相关专家进行科学性和可行性论证。
地方政府对推进“双一流”建设有什么考虑？
“双一流”建设是国家长期战略，应由国家相关部门和地方政府共同推进，在资源政策等方面形成合力。因此，《实施办法》在选拔程序、支援方式、组织实施等方面多次强调充分发挥和调动地方政府的积极性，鼓励地方政府通过多种方式加强对“双一流”建设的资金、政策、资源支持。同时，由于“双一流”建设高校是少数，不能覆盖所有高校，因此，结合不同地区经济社会发展的需要，积极推进特色、高水平大学和优势学科建设，积极探索其他类型高校一流建设道路，推进引领“双一流”建设的高等教育整体质量提高。