1. 办公室（国防动员委员会科技动员办公室）：负责机关政务协调，包括文件起草、会议组织、财务管理和后勤等工作，同时负责科技宣传、干部队伍建设及安全保卫等事务。
2. 综合计划科：制定科技发展规划和年度计划，研究科技投入政策，监督科技资金使用，负责科技统计和分析，以及科技促进社会发展的政策措施等。
3. 高新技术科：研究高新技术发展，负责高新技术项目开发和产业化，指导科技创新创业载体建设，参与高新技术企业认定和新产品认定。
4. 科技成果与科技管理科：推动科技成果转化，负责科技进步奖的组织和评审，负责科学研究机构的统计和民营科技企业的指导服务。
5. 科技合作科：负责重大科技创新项目的申报和实施，推进产学研结合，组织国内外科技合作交流，并负责对外科技宣传。
6. 知识产权管理科：制定知识产权发展规划，实施知识产权保护，处理专利纠纷，提供专利信息公共服务，指导企事业单位的专利工作，并负责知识产权法律法规的宣传和培训。