一、性质不同
1、工信部直属大学：由中华人民共和国工业和信息化部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
2、教育部直属大学由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
二、包含的学校不同
1、工信部直属大学：包括北京航空航天大学、北京理工大学、哈尔滨工业大学、西北工业大学、哈尔滨工程大学、南京航空航天大学、南京理工大学。
2、教育部直属大学：包括清华大学、北京大学、浙江大学、厦门大学、中山大学、武汉大学、中国传媒大学、中国人民大学、中国矿业大学、中国药科大学、中国石油大学、华中科技大学、四川大学、上海交通大学、吉林大学等等。
扩展资料：
根据《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》（国发〔1999〕26号），国防科工委继续管理其所属学校。
根据2008年3月15日第十一届全国人民代表大会第一次会议通过的《关于国务院机构改革的决定》，不再保留“国防科学技术工业委员会”的机构设置；
将原国防科工委除核电管理以外的职责都纳入到新成立的中华人民共和国工业和信息化部，原国防科工委直属高校也相应转由中华人民共和国工业和信息化部直属管理。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国工业和信息化部直属高等学校
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国教育部直属高等学校
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