父亲醉驾但不起诉不会有案底。
留有案底的情况如下：
1、只要涉及到的案件被最终确认违法犯罪属实就会留下案底，无论是否受到实际处罚都会有案底的。
2、只要承担刑事责任，都会留案底。
3、承担行政责任，处理的公安机关也会在处理地公安机关内部留笔录等记录，但是，一般情况下不进入个人档案。
案底不同得到的处罚也不同，一般有以下几种情况：
1、如果是行政处罚，一般的罚款拘留的话，对生活没有太大的影响。
2、如果是吸毒而拘留或强戒的话，那么，信息将会在全国禁毒系统录入，当去到外地，如果是住旅馆的话，当地一般都会有报警系统要求当地派出所进行排查。
3、如果是劳动教养或者收容教育，那么除了出国及转户之外，其他的都会有很大的影响。
4、如果是在警察那里留有案底，也指一般的违反行为，比如即使出现了一般的打架斗殴，有时候也会登记在案的，如果是当兵政审等情况也不会通过的，留下案底之后，很多情况下都是作为重点人加强管理的，也就是说，一些情况或行为是受到定期或是不定期的监管的，只是不影响生活，一般只要不重新啊违法犯罪的话没有任何问题，也不必当作负担。
综上所述，醉驾不起诉就没有案底。没有犯罪记录，可以免于刑事处罚，但是有行政处罚。对于醉酒驾驶机动车的被告人，情节显著轻微危害不大的，不予定罪处罚；犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。
【法律依据】：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
第二百八十六条
【未成年犯罪人犯罪记录的封存与查询】犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。
犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。
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