迟到一次就取消全勤奖合法。根据法律规定迟到违反了全勤奖规定将不予发放。全勤奖是为规范人力资源管理制度，完善内部奖惩管理规定及福利制度，提高员工的工作积极性和工作效率，促进公司管理工作而设置的一项奖惩制度。全勤奖奖金额度由各公司自主制定。
一、离职员工不发全勤奖合法么：
不合法，全勤奖金是员工在职时的劳动所得，如果公司规章制度和劳动合同都没有对离职员工全勤奖进行明确规定，那么，按照同工同酬的原则，离职人员也应当得到相应的全勤奖奖金额，用人单位应当支付。
二、全勤奖也算作底薪么：
一般在没有约定的情况下，全勤奖不应该计入底薪。但如果劳动合同或经法定程序通过公布的员工手册上明示全勤奖计入底薪的，在劳动仲裁时也会被认可。有关规定：动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准
综上所述，考勤是根据公司自己的制度，按公司上下班时间为准。如果请假，不论事假还是病假，均取消本月的全勤奖。不服从安排怠工、息工、擅自离岗影响工作正常进行的扣除本月全勤奖。本月旷工将会扣除本月的全勤奖。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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