北师大万宁附中按照“国有联办、机制创新、自主办学”的原则，由北京师范大学与万宁市人民政府联合举办，全新办学模式也在北师大万宁附中铺开，这种崭新的管理体制，在我海南省公办学校还是首例。
学校管理体制为“理事会领导下的校长负责制”，万宁市负责教学基础设施建设及教育经费投入，北京师范大学则投入师资力量、教学资源、教育品牌、团队管理等，理事会由万宁市政府及北京师范大学双方共同组成，是双方合作办学的决策、监督和咨询常设机构。
北师大万宁附中校长是学校的法人代表，在理事会领导下独立行使办学自主权，全面主持学校工作。校长由北京师范大学面向全国公开招聘，加以培训后委派，实行任期聘任制、目标考核制和责任追究制，每年接受理事会年度考核。全体教师均面向全国公开招聘，实行教师聘任制、岗位责任制，并实行过程考核和目标考核。 秉承北师大“治学修身、兼济天下”的办学理念，承接北师大优质教育资源，依托名校办名校，坚持“全人教育”，采用精细化管理，打造品牌师资队伍，创建海南省名牌中学和国家级示范性中学。
学校建立了系统规范的规章制度，逐步形成了独具特色的管理模式。推行“三个三”，即 “三个十条”（《校园十条禁令》、《教学管理规范十条》、《课堂教学规程十条》）；“三大考核”（教师每月教学工作常规考核、班主任每月工作考核、行管干部每月工作考核）；“三大课表”（教学常规课表、校本选修课表、食堂A/B周菜谱）。实行全寄宿（包括老师和学生）、全封闭（主要指生活管理）、双周放假制等，以先进精细的管理出成效。
学校注重德育工作，突出抓学生的良好学习习惯和生活习惯的养成教育，注重德育过程的心理健康和健全人格教育，严格执行《校园十条禁令》，每月制定专门的教育主题，开展系列教育活动，实施“全员育人、全程育人、全方位育人”，精心设计丰富多彩的学生社团活动，寓爱国教育、道德教育、理想教育、礼仪教育、感恩教育和健康教育于教育、教学的各个环节之中。教会学生“会学习、会做人、会生活、会创造”，着力培养“基础扎实、特长明显、素质全面、能力多样、人格健全、适应性强”的高素质人才。
学校坚持以质量求发展，以特色创名校，以名师铸成果，以管理出效益。 育 人 目 标：会学习 会做人 会生活
办 学 理 念：传承文明 育人为本 质量为重 和谐发展（全人教育）
校 训：修身 博爱 尚美 创新
校 风：和谐 文明 仁爱 勤奋
教 风：崇尚真理 追求卓越 张扬个性 勇于创新
学 风：勤学 善学 乐学
