由于赤潮生物的尸体分解需要消耗大量的溶解氧，这样会引起海水严重缺氧，甚至形成硫化物危及海洋生物的生存。如果含有毒素的赤潮生物及其休眠孢子，或当赤潮生物死亡时所释放出来的毒素被海洋动物摄食、吸收后，就会造成中毒死亡。如果人食用了这种含毒素的海产生物，也可能造成中毒或致死。
进入海洋的有机物和营养盐除了能够引起赤潮、破坏生物资源、影响海洋生态平衡外，还能成为各种细菌和病毒的良好养料，因而促使其大量繁殖。联合国的一份报告认为：纽约港由于接受了大量的生活污水和废物，细菌数目急剧增加。从1948~1968年的20年间，细菌数目增加了10倍。海水中的病菌还可以进入鱼、贝类的体内，有的可直接危害其发育，有的则通过鱼、贝类而进入人体，引起传染病。我国1988年春季上海市居民就由于食用了这种带病毒的毛蚶而引起甲型肝炎流行。
大量的有机物进入海洋并沉入海底，还增加了将该海域变成“死海”的危险性。如波罗的海的某些海区底层已经无生命存在了。这是由于波罗的海属近乎封闭性内海，海水与大洋水的交换量极少，相反受陆地水的影响很大。大量的有机废水进入波罗的海后，除了海水中的生物活动需要消耗大量的氧气以外，这些有机物在分解时也要消耗掉大量的氧气，加上电体交换不良，氧气供应不足，致使水体出现了缺氧现象。有的海底部分海水中的溶解氧几乎为零，并出现了硫化氢，这时此海区就不会有生命存在了，也就变成了“死海”或“水沙漠”。