根据我个人护照被偷的经验,补办是这样的.
去中国领事馆办(在过外的话就叫中国领事馆.国内的话忘了叫什么了，反正就是当初给你出护照的地方).
带齐身份证件, 补办的费用,到那里填一个补办的表,里面写名理由是丢失,然后叫到柜台申请.他们会让你在那里照一版2寸照片. 自己带去的他们会用尺子仔细量,要么说你那张大小不合适要么说你是很久以前拍的,反正就是说你自己带去的照片不合格, 为了让你在他们那照,挣这照相费.你也可以带着自己的照片去，试试吧.到柜台他们看你是自己丢失有可能会让你写一个书面承认错误报告,类似于交代怎么把护照弄丢的，再也不会犯这个错误了.
如果在国外的话，还会让你在某个报纸上发个护照丢失的声明来代表你的认错决心,然后再把那登报纸上的那部分剪下来留证据都当作材料和书面报告一起给他们.
如果楼主是护照被偷,一定要报警，让警察局给你出护照被偷证明,但还是要写书面道歉报告(很荒谬,但没办法).
签证方面,楼主要去日本领事馆说明护照丢失，或者他们给出一个临时签证给你登记一下.
新护照批下来应该要费2 3个月,等一批下来，就再去日本领事馆贴签证.
我补办时是在国外,所以手续也比较麻烦,而且生活上所有需要ID的事情都不能做.
祝楼主顺利吧~
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