一、职位不同
事业编是事业单位享有事业编制的工作人员，签订的是聘用合同，政府雇员就是所谓的“临时工”，是政府机关、事业单位等以合同形式雇用的人员，签订的是劳动合同或者劳务合同，合同到期后是否继续聘用要看单位的意思。
二、工作单位不同
政府雇员和有编制的公务员在政府里面工作，事业编工作人员在机关单位下属的事业单位中工作，与之一起工作的是事业单位工作人员。
政府雇员承担的是政府机关内的一些工作，事业编工作人员承担的是事业单位里的工作职责。
三、福利待遇不同
政府雇员的待遇和事业编的待遇有所区别，政府雇员相当于是为政府工作的人，享受的是上班族该享受的工资和五险一金等，事业编工作人员的待遇有着国家和地区制定的标准，部分地区和岗位有津贴补贴、奖金绩效等，总体来说，事业编的待遇优于政府雇员。
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