实习期内摩托车驾照扣了9分不满12分的是没有关系的 ，只要能及时去缴清罚款，并注意遵守交通规则不再违章。
根据《
机动车驾驶证申领和使用规定》
第六十九条机动车驾驶人在一个
记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除；记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。
第七十九条机动车驾驶人在实习期内发生道路交通安全
违法行为被记满12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还应当按照第七十八条第一款规定，注销其最高准驾车型驾驶资格。