洋葱施肥因品种、栽培方式而不同。根据日本《新蔬菜全书》推荐的施肥用量，每公顷洋葱需施氮150～300kg，磷（P2O5）130.5～400.5kg，钾（K2O）79.5～250.5kg，钙（CaO）300～600kg，生产上施肥量一般大于推荐量。
我国洋葱的施肥多是有机无机相结合的方法，常分苗床施肥、基肥和追肥。
苗床施肥主要是提高幼苗素质，施肥量一般每100m2施氮1.2kg，磷（P2O5）1～3kg，钾（K2O）2kg。结合江浙一带的施肥实际，10m2苗床一般施腐熟有机肥25～30kg，配施过磷酸钙0.8kg，硫酸钾1.0kg，在整地做苗床时施入。齐苗以后，结合浇水追施硫酸铵0.6kg（或尿素0.25kg）。
基肥在洋葱施肥中很重要。由于洋葱生育期长，根系吸肥能力较弱，鳞茎膨大又要求疏松的土壤条件，因此，基肥要以优质有机肥为主，一般每公顷用有机肥2.25万～3.75万kg，磷肥（P2O5）60～90kg（即过磷酸钙435～645kg），钾肥（K2O）75kg（即硫酸钾150kg），结合整地施在耕层中。
追肥在洋葱缓苗后进行，第一次追肥（催苗肥）要早施，每公顷施人粪尿或其他优质有机肥1.5万～3万kg，或追施尿素60～120kg。发棵肥可施人粪尿1.5万～2.25万kg或硫酸铵450～600kg。鳞茎膨大期是重点施肥期，可追施2～3次催头肥，每次施氮45～60kg，其中第一次催头肥要配施硫酸钾150～180kg。后期施肥要防止氮肥过多，以免影响鳞茎膨大。肥料的施用方法应根据洋葱植株的大小和田间作业的可能性来决定，一般可开沟埋施或对水浇施。