巡警部的内部机构设五司十六科办事，即警政司、警法司、警保司、警学司、警务司。其具体职责为：
(1)警政司，分置四科。
行政科：掌警卫、保安、风俗、交通及一切行政警察事项，并会同编辑科编订一切行政警察章程，须饬传内外各厅及各省遵办者，均归该科管理。
考绩科：掌部、厅、各省警务人员升转、补选、举劾、考核等事。
统计科：掌部、厅、各省警务款项、预决算、统计各司科所办警政，按年编册刊布。
户籍科：掌审定、稽查户口章程，管理各省地方户口等事。
(2)警法司，分置四科。
司法科：掌审定司法警察办事章程，核办各项事宜。
国际科：掌审定国际警察事务规则，调查各省租界、警政情形及一切交涉、翻译事件。
调查科：掌调查各省政法民情及地方习惯风尚，会同各司、科审定一切警章。
检阅科：掌查阅报章书籍，管理京外各报馆、书坊事宜。
(3)警保司，分置四科。
保安科：掌预防危害，保护治安，宣布应行告诫、禁止之一切命令，查禁奸民、棍徒、集会、拜盟、扶乱等事。
卫生科：掌考核医学堂之设置，医生考验、给照，管理清道、检疫，计划及审定一切卫生、保健章程。工筑科：掌计划京城内外道路工程，审定京外各警厅房屋式样与工厂、戏院之建筑，调查各省会各商端口修路工程，管理一切公私营造事宜。营业科：掌营业开张，申报存案，审定铺捐、车捐各项捐章及市场绅董公所办事章程，京城内外所设电灯、自来水、市街铁路均归核准、保护。
课程科：掌审定各省巡警学堂章程，考核警官学业成绩及给凭、注册等事。编辑科：掌编译各国警察法规及各种警学专书。
(5)警务司，分置二科。
文牍科：掌办紧要奏稿及关涉全部事体之文件；办理电报、电话及报告等机要事项。
庶务科：掌一切杂项事务，稽核部、厅司员功过簿册，考查司书生、夫役人等事。
巡警部地方性的下属机构有京师内城和外城巡警总厅、司艺所、预审厅、稽察处、教养局、消防队、消防总局、探访队、协巡营等。京城内外工巡及巡视5城事务均由该部管理，以专责成。
光绪三十四年（一九○八年）四月，各省先后设置巡警道，从而使巡警道成为省级公安管理机关。亦由巡警部督饬办理，由此各省训练巡警，设立警察机构及警务学堂，进行缉盗、审理案件、管理交通、消防、卫生诸事。
