济宁市城市轨道交通线网规划以协调与支持都市区发展为首要目标，提升中心城区首位度，加快济宁都市区一体化发展，逐步建立以轨道交通为骨干的公共交通出行模式，创造良好的城市环境。通过以下三个阶段，形成符合城市发展要求的线网建设时序。
起步阶段（2011年－2020年）
先期建设轨道交通1号线，形成覆盖任城区、兖州区、邹城市、曲阜市的主要客流走廊，同时加强与曲阜高铁站的联系，线网规模64.05km，设站23座。
发展阶段（2021年－2030年）
远期建设轨道交通2、3号线，结合与嘉祥和邹城的衔接，完善嘉祥－任城－邹城－曲阜的轨道交通联系，完成都市区内骨架线网的2、3号线，全长96.87km。轨道交通线网总规模达到160.92km。
完善阶段（2030年以后）
在3条骨架线网的基础上延伸扩展，促进济宁市都市区空间体系的形成，加强济宁市区与西部经开区和机场的交通联系。新增轨道交通2号线支线，全长26.78km，轨道交通线网总规模达到187.7km。
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